Gülseven Yaşer'le darbe planlayıcısı olarak tanınan Eruygur'un, Jandarma Genel Komutanı olduğu dönemde Çağdaş Eğitim Vakfı yararına Jandarma destekli burs kampanyası yaptıkları anlaşıldı. Son operasyonda baskın yapılan, Çağdaş Yaşamı Destekleme Derneği ve Çağdaş Eğitim Vakfı'nın Ergenekon sanığı Emekli Orgeneral Şener Eruygur'la yakın temas halinde oldukları ortaya çıktı. Öyle ki Eruygur Jandarma Genel Komutanı olduğu dönemde Çağdaş Eğitim Vakfı yararına jandarma destekli burs kampanyası bile düzenlemişti. İkinci iddianameye alınan belgelere göre Eruygur birlikte hareket ettikleri belirlenen bu derneklere öğrenci ve burslara kaynak bulma konusunda yardımcı oluyordu. Protestan misyonerliği yaptığı 20 Nisan 2001 MİT raporuyla belirlenen Çağdaş Yaşamı Destekleme Derneği ve Çağdaş Eğitim Vakfı'na öğrenci bulunması için personeline talimat bile vermişti. İddialara göre Eruygur Jandarma Genel Komutanı olduğu dönemde kurulan Cumhuriyet Çalışma Grubu'nu Ergenekonun Ulusal Birlik Hareketi'ni oluşturan bu dernekler yararına kullanmıştı. Ancak bir süre sonra ÇEV ve ÇYDD'nin misyonerlik faaliyeti yürüttüklerinin MİT raporuyla belgelendiği ortaya çıkınca Jandarma bu derneklere destek olunmasının uygun olmadığı yönünde Eruygur'a cevap verildi. Eruygur da iki derneğe sağladığı desteği personelden gelen tepki üzerine iptal etmek zorunda kaldı. Ancak Şener Eruygur ve Gülseven Yaşer'in ÇEV'i arasındaki bağlantı devam etti. Eruygur'un emekli olduktan sonra da ÇEV'in 2. başkanı olduğu kendisine ait digital dökümanlar arasından çıktı. O belgeler arasında bulunan ÇEV'e bildirilmek üzere hazırlanmış bazı lise ve üniversite öğrencilerinin kimlik bilgilerinin bulunduğu liste, Eruygur-ÇEV bağlantısının delili olarak 2. iddianame klasöründe yerini aldı. İddia edilen Ergenekon Terör örgütü tarafından darbeye zemin hazırlamak için organize edildiği söylenen Cumhuriyet mitinglerinde, Türkan Saylan'ın Genel Başkanlığını yaptığı ÇYDD ve Gülseven Yaşer'in başkanlığını, Şener Eruygur'un ise; ikinci başkanlığını yaptığı ÇEV aktif olarak görev almıştı. İddianameye göre, Gülseven Yaşer ayrıca Ergenekon illegal yapılanmasının sivil toplum kanadı olan Ulusal Birlik Hareketi'nin organizatörlerinden biriydi.