Savcı, Türkiye'nin sadece birkaç yılda yaşadığı süreci değil yakın tarihini aydınlatacak belge ve bilgilere yer verirken, örgüte yönelik önemli tespit ve değerlendirmelerde bulunuyor. Öz, İtalya'daki gibi Temiz Eller operasyonu yapılmadan hukuk devleti olunamayacağının altını çiziyor. Ergenekon'un ülkeyi yıllardır terör ve mafya cennetine dönüştürdüğünü vurgularken, 1996'daki Susurluk kazasına dikkat çekiyor. O dönemde örgüte yaklaşıldığını ancak gizli, profesyonel ve hücre yapılanmalarının deşifreyi engellediğini kaydeden Savcı Öz, şu tespitlerde bulunuyor: "20. yüzyılın sonlarına doğru meydana gelen bir kaza ile ülkemizdeki bu kanlı örgütün kapıları kısmen de olsa aralanmıştır. Fakat örgütün o dönemdeki etkinliği ve gücü nedeniyle sadece buz dağının görünen yüzü aydınlatılmış ve örgüt, karanlık eylemlerine devam etmiştir." Savcı iddianamede ayrıca, NATO'nun komünizmle mücadele amacıyla birçok ülkede kurduğu bu örgütlerin zaman içerisinde amaçları dışına çıktığını ve bir kısım kişilerin kendi ideolojilerini gerçekleştirmek için kullandıkları birer terör örgütüne dönüştüklerini anlatıyor. Savcı Zekeriya Öz, "Dünyadaki birçok ülke, İtalya örneğinde olduğu gibi bu oluşumlarla gerekli mücadeleyi yapmış ve bunu başardıklarında 'hukuk devleti' olabilmişlerdir. Ergenekon terör örgütü, vatandaşların huzurlu ve güvenli bir yaşam sürmesini sağlayacak olan 'hukuk devleti' olmanın önünde daima bir engel teşkil etmiştir." diyor. Ergenekon üyelerinin, devlet kurumlarında ciddi bir şekilde irtibatlarının olduğu, bu nedenle örgüte yönelik başlatılan bir çalışmayı anında öğrendiklerini belirten savcı Öz, kendilerine yönelik çalışma yapan kişi ya da kurumları yıpratmak, yıldırmak ve baskı altına almak için anında örgütün her türlü imkan ve taktiklerini seferber ettiğinin görüldüğünü kaydediyor. "Ne yazık ki, Ergenekon terör örgütü uzun yıllardır sürdürdüğü faaliyetlerle ülkemizin bir mafya ve terör cennetine dönüşmesine neden olmuştur." diyen savcı, bazen bir mafya liderinin yaptığı eylem ve açıklamalarla hükümetlerin düşürülebildiğini, bazen de bir terör örgütünün gerçekleştirdiği eylemlerle ciddi kaosların yaşandığı ülke olunmasına sebebiyet verdiğini aktarıyor. Ergenekon terör örgütünün 1999'dan daha eski yıllardan beri faaliyetlerini sürdürdüğünü kaydeden Öz, üst düzey yöneticilerin özellikle devlet kadrolarında çalıştıkları sırada edindikleri tecrübeler ışığında illegal olarak bu örgütün faaliyetlerini sürdürdüklerinin belirlendiğini ifade ediyor. Savcı, özellikle Susurluk kazası olarak bilinen olaydan sonra meydana çıkartılan illegal yapılanma üyelerinin bir kısmının devletin üst düzey birimlerinde görev yapmış görevli şahıslar olması ve bu şahısların birçoğunun 'Susurluk Çetesi' olarak bilinen davada ceza alıp mahkum olmalarının da oldukça anlamlı olduğuna dikkat çekiyor. Savcı Öz, toplumsal desteğe karşın bu örgütün deşifre edilememesine gerekçe olarak da, yapılanmanın devlet kurumları içindeki uzantılarının güçlü olması ile oluşumun derinliği ve etkinliğini gösteriyor. Şüpheli Veli Küçük'ün adı birçok yerde geçmesine rağmen hakkında herhangi bir işlem yapılamadığına da vurgu yapıyor.