İddianamede, eski YÖK Başkanı Prof. Dr. Kemal Gürüz'ün, YÖK başkanlığından emekli olduğu halde, örgütün talimatı ile YÖK üyeliği ve üniversitelerdeki rektörlük seçimlerine müdahale ettiği, bu amaçla seçime iştirak eden kişilerle görüşmeler yaptığı ve örgütün ileride kullanabileceğini düşündüğü şahısların üniversite yönetimlerine seçilmelerini sağlamak ve üniversitelerde kadrolaşmak amacıyla bu kişilere oy verilmesi yönünde baskı uyguladığı, seçilmesini istemediği kişiler hakkında asılsız söylentiler ve haberleri yayarak onları yıpratmaya ve böylece üniversite yönetimlerine, örgütün belirlediği strateji doğrultusunda yönlendirmeyi amaçladıkları kişilerin seçilmesini sağlamaya çalıştığı'' belirtildi. İddianamede, Gürüz'ün ''yapılan çalışmalarla ilgili örgüt yöneticisi Şener Eruygur'a düzenli bilgi verdiği ve ondan bazı şahıslara baskı uygulaması için taleplerde bulunduğu, ayrıca bazı medya mensupları ile görüşerek, rektörlük seçimlerinde desteklediği kişilerin muhalifleri aleyhine yazı yazılmasını sağladığı ve örgüt üyesi Mustafa Balbay ile de bu yönde birçok görüşmesinin bulunduğu, görev sırasında temin ettiği devletin iç veya dış siyasal yararlarına ilişkin gizli belgeleri sakladığı, Ergenekon silahlı terör örgütünün ara yönetici olarak emekli olduktan sonra da eylem ve faaliyetlerini sürdürdüğünün anlaşıldığı'' vurgulandı. Şüpheli Yarbay Mustafa Dönmez'in de ''Ergenekon silahlı terör örgütünün üyesi olduğu, Başbakan'a suikast girişimi için çalışma yapıp evinin krokilerini çıkardığı, devlete ait gizli olan ve mahiyet itibarıyla gizli kalması gereken bilgi ve belgeler ile vahim nitelikli silah, mühimmatı, patlayıcı madde bulundurduğu, kişileri, özel hayatları, dini ve siyasi görüşlerine göre kişisel verileri hukuka aykırı olarak kaydetmek suçlarını işlediği'' savunulan iddianamede, ''şüphelinin, ele geçirilen mühimmat ve askeri malzemelerin mahiyeti de göz önüne alındığında yasama ve yürütme organını ortadan kaldırmaya teşebbüs eylemlerini gerçekleştirmeye elverişli nitelikte olduğu'' belirtildi. İddianamede, ''şüpheli Mustafa Yurtkuran'ın aktif olarak darbe çalışmalarının içerisinde yer aldığının anlaşıldığı'' iddia edilerek, şüphelinin, örgütün faaliyeti çerçevesindeki tüm eylemlerinin örgüt üyeliği kapsamında olduğu, ayrıca ''Yürütme organını ve TBMM'yi ortadan kaldırmaya veya görevlerini yapmasını kısmen veya tamamen engellemeye teşebbüs suçuna iştirak ettiği sonucuna varıldığı'' ifade edildi. İddianamede, şüpheli Engin Aydın'ın da ''Ergenekon silahlı terör örgütü içinde örgüt yöneticisi konumunda bulunan sanık İlhan Selçuk'a bağlı örgüt üyesi olduğu ve onun talimatları ve örgütün amaçları doğrultusunda faaliyette bulunduğu, gerçekleştirdiği devamlılık ve çeşitlilik arz eden tüm eylemlerinin örgüt üyeliği kapsamında bulunduğu'' kaydedildi. İddianamede, eski Türk Metal Sendikası Genel Başkanı Mustafa Özbek'in de faaliyetlerinin çeşitliliği ve yoğunluğu, ele geçirilen gizli belgeler, telefon görüşmelerinin içerikleri ve irtibatlarının tüm delillerle bir bütün olarak dikkate alındığında, ''Ergenekon silahlı terör örgütü üyesi olduğu'' ifade edildi. İddianamede, ''Özbek'in, örgütü parasal olarak finanse ettiği, bunun yanında 'gizli' ibareli belge bulundurduğu, başkanı bulunduğu sendikanın imkanlarını örgütün amaçları doğrultusunda kullandığı, bir suç işleme kararı kapsamında kişilerin siyasi, felsefi veya dini görüşlerine, ırki kökenlerine, hukuka aykırı olarak ahlaki eğilimlerine, cinsel yaşamlarına veya sendikal bağlantılarına ilişkin bilgileri kişisel veri olarak kaydetme suçunu da işlediğinin anlaşıldığı'' vurgulandı. İddianamede, Ünal İnanç'ın da ''Ergenekon silahlı terör örgütü üyesi olduğu, devletin güvenliğine ilişkin gizli belgeleri ve yasaklanan bilgileri temin ettiği'' öne sürüldü. Şüpheli Mustafa Levent Göktaş'ın da örgütün talimatları ile gerçekleştirdiği tüm eylemlerinin örgüt yöneticiliği kapsamında bulunduğu sonucuna varıldığı belirtilen iddianamede, şüpheli Mustafa Hüseyin Buzoğlu'nun da ''kişisel verileri hukuka aykırı olarak kaydetmek, devletin güvenliğine veya iç veya dış siyasal yararlarına ilişkin belgeleri temin etmek ve bulundurmak, daha sonra bu belgeleri örgütün arşivine dahil etmek şeklindeki süreklilik ve çeşitlilik arz eden eylemlerinin örgüt üyeliği kapsamında bulunduğu'' ifade edildi.