28 Şubat sürecinde hazırlanan protokolün altında imzası bulunan Ünüsan'ın, Ergenekon zanlısı, Bağımsız Cumhuriyet Partisi (BCP) Genel Başkan Yardımcısı Engin Aydın ile telefonda Ergenekon muhabbeti yaptığı tespit edildi. Ünüsan'ın telefonda Engin Aydın'a, “Niye aramıyorsun oğlum, bu Ergenekon hepinizi korkuttu ya” dediği, Aydın'ın da buna “Ben seni de bulaştırırım diye ödüm kopuyor, hiç değilse dostlarıma zarar gelmesin” diye cevap verdiği görüldü. Ayrıca Engin Aydın'ın Ünüsan'a bir diğer Ergenekon zanlısı Orgeneral Hurşit Tolon için, “ya koca orgeneral adamdaki paniğe bak ya Hurşit Tolon” dediği kayıtlara geçti. Aydın ve Ünüsan arasında geçen telefon görüşmesinde Ünüsan Aydın'a, İlhan Selçuk o organize ediyor demiş senin için” diye konuşuyor. YENİ ŞAFAK