Gözaltına alınan isimlerin, örgütün yöneticisi olduğu iddia edilenlerle bağlantıları. Gözaltına alınan Giresun Üniversitesi Rektörü Prof.Dr.Osman Metin Öztürk, Veli Küçük'e hitaben, "Her zaman emrinizde, hizmetinizdeyim" sözleriyle gündeme gelmişti. 18 İlde 120 adrese yönelik düzenlenen son Ergenekon operasyonu, gündeme bomba gibi düştü. Emekli Orgeneraller Şener Eruygur ve Hurşit Tolon'un başını çektiği darbe planlarının, deşifre olduğu iddianamede, bazı dernek ve üniversite rektörlerinin darbeye uygun ortam hazırlamak için özel bir çalışma içinde olduklarına dikkat çekiliyordu. Son operasyonda Başkent Üniversitesi Rektörü Mehmet Haberal gözaltına alınmıştı. Kabul edilen ikinci iddianamede adı çok sık geçen Haberal'ın, yasadışı Ergenekon örgütü'nün siyasi kanadında yer aldığı, örgüte lojistik destek verdiği ve gizli toplantılar düzenlediği iddia ediliyor. Haberal ile birlikte, 3 eski rektör de gözaltında. ETÖ şüphelisi rektörlerin, darbe girişimlerini yöneten generallerle biraraya geldikleri iddia ediliyor. Onlardan biri İnönü Üniversitesi Rektörü Fatih Hilmioğlu.Hilmioğlu, Şener Eruygur'un aklettiği ve hayata geçirdiği söylenen Mitinglere katılımı sağlamak için sınavları dahi ertelemesiyle gündeme gelmişti. Bir başka eski rektör de Uludağ Üniversitesi rektörü Mustafa Yurtkuran. Yurtkuran'ın görevde olduğu dönemde, adları ETÖ iddalarında yönetici olarak geçen, Şener Eruygur, Hurşit Tolon ve Veli Küçük'ü üniversiteye konuşmacı olarak davet etmesiyle biliniyor. Türkiye, 19 Mayıs Üniversitesi eski Rektörü Ferit Bernay'ı üniversitedeki kadrolaşma skandallarıyla tanımıştı. Bernay'ın, yasadışı Ergenekon örgütünün, Karadeniz'deki etkisinin azalmaması için çalıştığı iddia ediliyor.Buna Bernay ile Eruygur arasındaki görüşme örnek gösteriliyor. Konuşmada Bernay, kendisinden sonra tanıdık bir ismin rektör olması gerektiğini söylüyordu. Gözaltındaki bir diğer isim de Giresun Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Osman Metin Öztürk. Doğu Perinçek'e yakınlığıyla bilinen Teori dergisinde yazılar yazan Öztürk'ün, Veli Küçük'e hitaben söylediği sözler dikkat çekici. Eruygur, Mustafa Balbay'ın notlarında yer alan konuşmasında, "Bizler kimlerle görüştük, bilgi verelim. Anıl Çeçen, Yıldırım Koç, Malatya, İstanbul, Samsun, 9 Eylül rektörleri. Onlar çok heyecanlı. Malatya falan bir görseniz, bu işi yarına bırakmayalım diyecek kadar heyecanlı. Buna yeni rektörler de katılabilir. Artık bilen bilir, gören görür, biz yola çıktık" diyordu. Ortaya çıkan tablo, soruşturmayı yürüten adli makamların, örgütün bütün ayaklarını ortaya çıkarmaya çalıştığını gösteriyor. Son operasyonda baskın yapılan Çağdaş Yaşamı Destekleme Derneği ve Çağdaş Eğitim Vakfı da yasadışı Ergenekon örgütü bağlantılarıyla gündeme gelmişti. İki derneğin, Eruygur'un talimatıyla kurulduğu söylenen Ulusal Birlik Hareketi Sivil Kuruluşları Birliğini desteklediği konuşuluyor.