MİT tarafından hazırlanan ve Ergenekon davasına bakan mahkemeye de gönderilen şemada Baykal'ın örgütün siyasi kanadında yer aldığı ileri sürülmüştü. Savcı Zekeriya Öz'ün yaklaşık 100 sayfadan oluştuğu öğrenilen fezlekeyi tamamladığı belirtildi. Fezlekenin Adalet Bakanlığı'na gönderilmesi için MİT tarafından hazırlanan ve Baykal'ın da yer aldığı belirtilen şema bekleniyor. Öz'ün söz konusu şemayı istediği ancak Emniyetin henüz göndermediği öğrenildi. Baykal'ın da isminin yer aldığı şema daha önce Ergenekon davasına bakan İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ne savcılık tarafından gönderilmişti. Söz konusu şema daha önce basına yansımıştı. Ancak basına yansıyan şemada Baykal'ın isminin kapatıldığı kaydedildi. Öte yandan, fezlekede Baykal'ın yazılı ve görüntülü beyanlarının da yer alacağı ifade edildi. Baykal, bir çok konuşmasında 'Ergenekon'un avukatıyım' demişti.