İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'nda görevli özel yetkili savcılar, Mart 2010 tarihindeki silahlı suç örgütü operasyonuyla ilgili iddianame, belge ve ifadeleri, incelemek üzere İzmir Cumhuriyet Başsavcılığı'ndan talep etti. Bunun üzerine Özel yetkili İzmir Cumhuriyet Savcısı Sait Demiröz'ün yürüttüğü soruşturmaya ilişkin belgeler İstanbul'a gönderildi. Dosyalar arasında bağlantı bulunması halinde, soruşturmaların birleştirileceği kaydedildi. İzmir Kaçakçılık ve Organize Suçlarla Mücadele Şubesi ekipleri, şiddet, adam yaralama, nitelikli dolandırıcılık, çek senet tahsilatı, şantaj, zorla senet imzalatma ve ihalelerde yolsuzluk iddiasıyla savcılığın talimatıyla 10 ilde eşzamanlı operasyon düzenlemiş, aralarında muvazzaf subayların da bulunduğu 32 kişi gözaltına alınmıştı. Suç örgütünün elebaşları olduğu iddia edilen işadamı A.M. ve Seferberlik Tetkik Kurulu'ndan emekli astsubay G.A., bir devlet hastanesinin başhekimi A.Ş., emekli binbaşı N.Ö., biri üniversite ve diğeri devlete ait iki hastanenin müdürleri ve iki muvazzaf astsubayın da aralarında bulunduğu 18 kişi sabah adliyeye sevk edilmiş, 13'ü tutuklanarak cezaevine gönderilmişti. Elebaşı olduğu iddia edilen A.M. ve G.A.'nın, Ergenekon sanıkları emekli yüzbaşı Muzaffer Tekin ve Özel Harekat Dairesi eski Başkan Vekili İbrahim Şahin'le bağlantılı olduğu saptanmıştı. Bu kişilerin Tekin ve Şahin'le birlikte çektirdiği fotoğraflar da ortaya çıkmıştı. Ayrıca Ankara'da faaliyet gösteren Ergenekon sanığı Levent Göktaş'ın da suç örgütü üyeleriyle bağlantısı bulunduğu öne sürülmüştü. Göktaş'ın Ankara'da ortağı olduğu iddia edilen güvenlik şirketinin müdürü İ.G. ve yöneticisi U.S.'nin, zengin bir işadamının boşanmak istediği eşini, A.M. ve G.A.'dan takip etmesini istediği, bu şekilde işadamının eşinin arkadaşıyla görüntülerinin çekilerek çocukların velayetini almak ve nafaka ödememek için şantaj amaçlı kulllanıldığı önü sürülmüştü.