Planın Taraf gazetesinde haber olacağının öğrenilmesinden sonra Genelkurmay Karargâhı'nda bulunan belgeleri yok ettiği öne sürülen askerlerden birinin terhis olduktan sonra savcılığa ifade verip “Ben o hafta sonu bazı erlerin bilgisayarların taşınması sırasında görev aldığını duydum” dediği belirtildi. Ergenekon savcılarına gönderilen beş sayfalık ihbar mektubunda, İrticayla Mücadele Eylem Planı'nı cuntacı bir ekibin hazırladığı, üstlerin de bu plandan haberdar olduğu belirtilmişti. Mektupta planın haberinin Taraf gazetesinde yayımlanacağı öğrenildiği zaman, Karargâh'ta bilgisayarların silindiği ve belgelerin de imha edildiği öne sürülmüştü. Bu mektupta adı geçen askerlerden birinin terhis olduğu ve geçen çarşamba günü ifadesinin alındığı öğrenildi. Askere mektupta adı geçen, Albay Dursun Çiçek ile bazı generaller de dahil, Genelkurmay Karargâhı'nda görevli bir grup Türk Silahlı Kuvvetleri personelini tanıyıp tanımadığı soruldu. Ayrıca, mektuptaki, “Genelkurmay içinde, Dursun Çiçek'in çalışmış olduğu dairede olayın ortaya çıkmasının ardından belge, evrak ve bilgisayarlar imha edildi” iddiası da bu askere soruldu. Askerin şu ifadeyi verdiği ileri sürüldü: “O belge cuma günü yayımlandı. Araya hafta sonu girdi. Bizim hafta sonları Genelkurmay Karargâhı'na girmemiz yasak. Ayrıca belge ve evrakların imha edilmesi sırasında erler bulunmuyor. Ancak ben o hafta sonu bazı erlerin bilgisayarların taşınması sırasında görev aldığını duydum.” (Radikal)