"İhtilallerin ve Anarşinin Yakın Tanığı" isimli kitabında yaptığı çarpıtma ile Türk okullarına leke atan eski MİT İstanbul Başkanı Nuri Gündeş hakkında birçok suçlama bulunuyor. Gündeş'e en büyük suçlamalar ise yine kendi teşkilatından geldi. Kitabında kendisine yönelik birçok suçlamayı Gündeş, "Gizlilik atmosferi içinde yapılan işlerden haberdar olmayan birçok kişi ve bir kısım basın yapılan işleri bilmedikleri için savaş meydanındaki hasımları gibi İstihbarat Teşkilatı'nı bazı zamanlar yazılarıyla top ateşine tuttular." şeklinde ifadelerle açıklamaya kalktı. Eski MİT Kontr-Terör Dairesi Başkanı Mehmet Eymür, www.atin.org adresindeki Anadolu Türk İnterneti isimli web sitesinde Gündeş hakkında, "Gündeş, entrikaları, yeraltı dünyası ile irtibatları, menfaate yönelik ilişkileri ve yalanları ile MİT'teki yozlaşmanın en büyük mimarlarından biridir. Onu yakından tanıyanlar daha subaylığı zamanında paraya ve menfaatine çok düşkün olduğunu, binbaşılığı zamanında ünlü bir içkinin bayiliğini yaptığını söylerler." ifadelerini kullandı. TBMM Susurluk Komisyonu'na 28 Ocak 1997 tarihinde ifade veren Gündeş, MİT'i 1976'da yaptıkları reorganizasyon ile 100 yıl ileriye götürdüklerini ileri sürmüştü. Komisyona anlattığı bu sözleri, "Nuri Gündeş meydanı boş bulmuş, sallayıp duruyor." ifadeleriyle cevaplayan Eymür, teşkilat içinde Gündeş'in neler yaptığını şu sözlerle anlattı: "Personel Daire Başkanı Nuri Gündeş'in önderliğinde yürütülen reorganizasyon çalışmaları ile MİT'te birçok değişiklikler yapıldı, yeni üniteler ilave edildi. Teşkilat'ın kuruluşundaki en önemli temel birimlerden biri olan Kontrespiyonaj Dairesi küçültüldü ve bir kıymetlendirme ünitesi haline getirildi. Müsteşar Yardımcılığı ihdas edilerek bu makama sonradan Nuri Gündeş'in 'Ertan Sert'in' yanına yerleştirdiği General Nihat Yıldız atandı. Reorganizasyon çalışmaları genelde "Teşkilat'ın daha iyi faaliyet yürütmesi amacından çok, birtakım denge hesapları için kullanıldı. Tasfiye edilmek istenilen personelin ya ünitesi kapatıldı ya da fonksiyonu azaltıldı, buna mukabil bazı kişiler için yeni üniteler kuruldu. Bu reorganizasyon sırasında aslan payını da tabiatıyla, o zamanki İdari İşler Başkanı Kemalettin Eker'in ayağını gazeteleri kullanarak kaydıran ve yerine geçen Nuri Gündeş aldı."