Haberal'ın Cumhuriyet Çalışma Grubu kararları doğrultusunda planlanan ''Cumhuriyet'e Saygı'' mitinglerinde diğer rektörlerle birlikte hareket ettiği, ''ordu göreve'' pankartlarının açıldığı mitinglere iştirak ettiği, birçok siyasi liderini bir araya getirip, ''Ergenekon Silahlı Terör Örgütü''nün amaçları doğrultusunda organize edip yönlendirmeye çalıştığı ifade edildi. Telefon konuşmalarında, hükümetin devrilmesi gerektiğinden bahsettiği öne sürülen Haberal'ın Mustafa S. ile yaptığı görüşmede ''köprüyü geçene kadar, aradaki siyasal kavgaların ortadan kaldırılması'' yönünde talimat verdiği, aynı siyasinin ''Ben başbakan olacağım ama benim başbakanım da sizsiniz'' hitap ve övgüsüne mazhar görüldüğü, ordu komutanlığı yapmış Ahmet Hurşit Tolon'un' ''Emredin gece 3'te kapınızdayım'' şeklindeki sözlerinden Mehmet Haberal'ın ''Ergenekon Silahlı Terör Örgütü''nün karar mekanizmasında yer alan üst düzey yönetici konumunda bulunduğu iddia edildi. İddianamede telefon görüşmesi kayıtlarına yer verilen Haberal'ın, Ergenekon silahlı terör örgütü üst düzey yapılanmasında görevli şüphelilerden, Mehmet Şener Eruygur, Doğu Perinçek, Ahmet Hurşit Tolon, İlhan Selçuk, Kemal Yalçın Alemdaroğlu, Tuncay Özkan, Mustafa Özbek, Tuncer Kılınç ile örgütün medya yapılanması içerisinde bulunan, şüpheliler Mustafa Ali Balbay, Güler Kömürcü, Ergun Poyraz, İsmail Yıldız, Ercüment Ovalı ile örgütsel irtibatlarının bulunduğu tespit edildiğine yer verildi. İddianamede, yine şüphelinin aynı günlerde yurt dışına kaçan ve halen firari olarak aranan ve o tarihte Miami'de olduğu belirten şüpheli Bedrettin Dalan ile 9 Ocak 2009 tarihinde yaptığı görüşmesiyle irtibat halinde bulunduğunun anlaşıldığı bildirildi. İddianamede, ''Ergenekon Silahlı Terör Örgütü''nün ''Sarıkız' isimli darbe planı kapsamında, Jandarma Genel Komutanlığında, dönemin Jandarma Genel Komutanı Mehmet Şener Eruygur başkanlığında, rektörlerle bir toplantı düzenlendiği, bu toplantıda mevcut Hükümetin icraatları ve irtica ile ilgili konuların konuşulduğu, toplantı sırasında 15-20 rektörün ''Kubilay'' olmaya hazır olduklarını söylediği ve 25 Ekim günü rektörler ve öğretim görevlilerinin Anıtkabir'e gitmesinin kararlaştırıldığı anlaşıldığı da kaydedildi. İddianamede, ''19 Ekim 2003 günü yapıldığı anlaşılan bu toplantıda alınan karar gereği 25 Ekim 2003 günü gerçekleştirilen ''Cumhuriyete Saygı Mitingi''ne katılan Haberal'ın, ''ordu göreve'' pankartının açıldığını görmediğini, miting için herhangi bir talepte bulunmadığını, beyan etttiği ancak, Cumhuriyet Çalışma Grubunca alınan kararlar doğrultusunda, yürüyüşün yanı sıra bazı üniversite rektörlerinin, değişik zamanlarda yürütme organı ile ilgili açıklamalar yaptığı ve bu açıklamalarla kamuoyu oluşturarak yapılması planlanan darbenin zemininin oluşmasını hedefledikleri, Haberal'ın hem üniversite rektörü hem de televizyon kanalı sahibi olarak ''Ergenekon Silahlı Terör Örgütü''nün amaçlarına uygun olarak bu kapsamda faaliyette bulunduğu, örgüt kararları doğrultusunda yapılması planlanan eylemlere katıldığı, yürütme ve yasama organlarını devirmeye teşebbüs eylemlerine iştirak ettiği iddia edildi. Milli İktidar Harekatı (MİH) adı altında oluşturulan yapılanma çerçevesinde toplantılar düzenlendiği ve bu toplantıya katılan kişilerin mesleklerine göre ayrıldığına yer verilen iddianamede, ''Generaller'' başlığı altında ise ''Org. Tuncer Kılınç, Tümg. A. K, Org. Hurşit Tolon, Org. Şener Eruygur'' şeklinde isminin geçtiği, ayrıca örgüt üyelerinden Güler Kömürcü, Doğu Perinçek, Mustafa Balbay, Tuncay Özkan'ın da isimlerinin geçtiği ifade edildi. İddianamede, elde edilen örgütsel dokümanlardan, ''Cumhuriyet gazetesinin yeniden yapılandırılması'' başlıklı dokümandaki kararlar doğrultusunda şüpheli Mehmet Haberal'ın tüm bu faliyetlere iştirak edip bu toplantıların çoğuna katıldığı, bunun Doğu Perinçek'in telefon görüşmesinden anlaşıldığı kaydedildi.