Eminağaoğlu, TCK'nın 277. maddesine aykırı şekilde, Ergenekon davasında görev yapan hâkim ve savcıları hukuka aykırı olarak etkilemeye teşebbüs etmek, resmi sıfatını kullanarak bir kısım şüpheli ve sanıklar lehine soruşturmanın usulü ve seyri ile ilgili açıklama ve eleştirilerde bulunarak kamuoyu oluşturmakla suçlanıyor. Eminağaoğlu hakkında Adalet Bakanlığı müfettişlerinin yaptığı soruşturmada, YARSAV Başkanı'nın bazı Ergenekon sanıklarının avukatlarına hukuki konularda yol gösterdiği ve sorgu sırasında ifade vermemeleri yönünde akıl verdiği ortaya çıktı. Eminağaoğlu'nun halen yargılaması devam eden ve temyiz aşamasında Yargıtay cumhuriyet savcısı sıfatıyla tebliğname hazırlanması muhtemel bulunan Ergenekon davasıyla ilgili açıklamaları, ziyaretleri ve telefon görüşmelerine soruşturma evrakında yer verildi. Ergenekon soruşturması kapsamında 7 Ocak 2009'da gözaltına alınan Engin Aydın'ın avukatına, Eminağaoğlu'nun "Emniyetteki sorguda ne sorulursa sorulsun cevap vermesin." tavsiyesi kayıtlara geçti. Eminağaoğlu'nun, soruşturma dosyasında birkaç kez telefonla görüştüğü avukata, gözaltına alınan diğer şüphelilerin durumunu da sormuş ve sorgu bitince kendine bilgi verilmesini istediği müfettiş raporuna yansımıştı.