Ergenekon Terör Örgütü iddiasıyla ortaya çıkan yasadışı örgütün yöneticisi olduğu ileri sürülen Şener Eruygur ile Engin isimli kişi telefonda konuşuyorlar. Konuşmada Eruygur'un Eminağaoğlu için "O bizim adamımız oluyor" dediği öne sürülüyor. Engin: Bu Ömer Faruk E. aradı beni. O güzel bir insandır değerli bir çocuktur biliyorsunuz. Ona bu Anıl Ç.ler işte Kazancı falan, benimle 'danışma kuruluna alıyoruz seni listeye adını yazacağız' demişler. Eruygur: O bizim adamımız oluyor. Eminağaoğlu'nun adı bir başka telefon konuşmasında da geçiyor. Ancak bu kez, yine ETÖ iddialarında adı yönetici olarak geçen Hurşit Tolon'un telefon konuşmasında. Tolon, bir konudan bahsedip, "Eminağaoğlu vasıtasıyla bu hafta içerisinde bu işi mutlaka bağlayacağım" diyor. Eminağaoğlu ile ilgili çok önemli bir iddia da bir ihbar mektubunda yer alıyor. İkinci iddianamede yer verilen mektupta, Kardanadam kodunu kullanan ve görevde olduğu dönemde Hasan Atilla Uğur'un emrinde çalıştığı iddia edilen kişi aynen şöyle diyor: "Levent Ersöz ve Kürşat, AKP hakkındaki yaptıkları çalışmaları/dosyaları Yargıtay Savcısı Ömer Faruk E. ile paylaşıyorlardı." İşçi Partisi’ne yönelik yapılan operasyonda da bir CD ele geçirildiği ve içinde "AKP dosyasını Eminağaoğlu'na iletelim, görüşünü alalım" şeklinde ibare bulunduğu öne sürülmüştü. Yargı mensuplarının yaklaşık yüzde 10'luk kısmının üye olduğu söylenen YARSAV'ın başkanlığını yapan Yargıtay Cumhuriyet Savcısı Ömer Faruk Eminağaoğlu gündemden hiç düşmedi. Kamuoyunda, Ergenekon Terör Örgütü iddialarını soruşturan adli makamları etki altına alacak açıklamalar yaptığı konuşulmuş ve eleştirilmişti. Eminağaoğlu, Mustafa Balbay'ın gözaltına alınmasının ardından Cumhuriyet Gazetesi'ne gitmiş, gazete bunu "destek" ziyaretlerinden biri olarak duyurmuştu.