Emekli Orgeneral Başer, ABD ile ortak kurulan temsilciliğin PKK ile mücadelede etkisiz kaldığını dile getirerek görevden ayrılmanın sinyalini veriyordu. Başer'in kendi isteğiyle mi yoksa hükümetin bu açıklamalardan rahatsız olduğu için mi görevden aldığı henüz bilinmiyor. Görevden alınan Edip Başer'in yerine, Büyükelçi Rafet Akgünay atandı. Erdoğan'ın da eski Dışişleri Başdanışmanı olan Akgünay, Pekin Büyükelçiliği de yaptı. Akgünay, Başbakan Erdoğan ile bir yıl çalıştıktan sonra Uluslararası Kuruluşlardan Sorumlu Müsteşar Yardımcısı olarak Dışişleri'ne atanmıştı. Başbakanlık Basın Merkezi tarafından konuyla ilgili yapılan açıklama şöyle: ''Terör örgütü ile yürütülen mücadelenin yanı sıra, örgütün yurtdışındaki desteklerinin kesilmesi ve faaliyetlerinin engellenmesi amacıyla ABD ile ikili planda, ABD ve Irak ile üçlü planda sürdürülen çalışmalar büyük bir önemle devam ettirilmektedir. Bu çerçevede daha önce görevlendirilen emekli Orgeneral Edip Başer'in konu ile ilgili olarak ulusal ve uluslar arası platformlarda ve basın-yayın organlarında yer alan bazı beyanatlarının çalışmaları olumsuz yönde etkileyeceği göz önünde bulundurularak görevinin sona erdirilmesi uygun görülmüştür. Yerine söz konusu ülkelerle yapılacak görüşmelerde Türk heyetine başkanlık etmek ve Terörle Mücadele Yüksek Kuruluna üye olarak katılıp, Kurul tarafından kendisine verilecek diğer görevleri yürütmek üzere Dışişleri Bakanlığı Müsteşar Yardımcısı Büyükelçi Rafet Akgünay görevlendirilmiştir.'