Yeni dönemde Diyanet İşleri Başkanı'nı köşk atamayacak; başkan seçimle işbaşına gelecek. Böylece Diyanet'te özerk bir yapının da önü açılmış olacak. Diyanet Teşkilat Yasası'nda düşünülen değişiklikler önümüzdeki günlerde adından çok söz ettireceğe benziyor. Hazır hale gelen Taslakta, Diyanet İşleri Başkanı'nın bundan böyle 'Atamayla ' değil 'Seçimle' belirlenmesi öneriliyor. Bugüne dek, Hükümetlerin önerdiği ve Cumhurbaşkanı'nın atadığı kişiler Diyanet işleri Başkanı oluyordu. Ancak yeni dönemde 'Atama 'yerine 'Seçim ön plana çıkıyor. Hazırlanan yeni Teşkilat Yasa Taslağına göre, Diyanet kendi içinden seçtiği 3 adayı Hükümete sunacak. Hükümet, Cumhurbaşkanının onayına gerek duymadan bunlardan birini seçecek. Diyanetteki bu devrim niteliğindeki değişiklik teklifinin mimarı ise mevcut Diyanet İşleri Başkanı Ali Bardakoğlu. Diyanet İşlerinde köklü değişiklikler öngören Taslakta dikkat çeken bir diğer yenilikse, Türkiye genelindeki 78 bin caminin müştemilatıyla birlikte Diyanete geçiyor olması. Bu uygulamayla birlikte, yaklaşık 78 bin caminin yönetimi de tamamen Diyanet İşlerine geçmiş olacak. Seçim yöntemine sıcak yaklaşan diyanet çevreleri, camiilerin tamamiyle Diyanet'e devrine ise karşı çıkıyor. Taslakta ayrıca din görevlilerine kariyer sistemi getiriliyor. Buna göre, başarılı olan imam ve vaizler Türkiye'nin en büyük camilerinde görevlendirilecekler. Burada göre yapan imam ve vaizleri diğer camilerdeki meslektaşlarına oranla daha fazla maaş alacaklar.