Çetin Doğan'ın ismi ise Ergenekon soruşturması kapsamında hazırlanan iddianamelerde geçiyor. Doğan'ın ismi, Ergenekon klasörlerinde, orduda mezhepçi kadrolaşma iddiaları ile anılmıştı. Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklanan Cumhuriyet Gazetesi Ankara Temsilcisi Mustafa Balbay'a ait olduğu iddia edilen günlüklerden itiraf, plan ve konuşmalar çıktı. AK Parti'nin iktidara geldiği dönemde 1. Ordu komutanı olan Çetin Doğan'ın, o güne (darbeye) hazırlandığı iddia ediliyor. Dönemin Jandarma Genel Komutanı Ergenekon sanığı Şener Eruygur ile Baykal arasında geçen bir telefon konuşmasından bahsediliyor. Balbay'ın günlüklerinin 'düşsel bir öykü' başlığı taşıyan bölümünde Mehmet adlı kişiyle yapılan bir söyleşiye yer veriliyor. Söyleşide, darbeye karşı çıkan dönemin Genelkurmay Başkanı Hilmi Özkök'ün, 'ya değişeceği ya gideceği' belirtiliyor. Özkök'ün bazı emirlerinin yerine getirilmediğinden bahsediliyor. Aynı söyleşide Özkök'ten, 'en büyük kaygımız.' diye söz edilirken, 'karada ve havada rahatız' deniliyor. 31 Mart 2003 tarihinde by-pass ameliyatı geçiren Çetin Doğan, ameliyattan hemen önce ordu komutanlarıyla konuşmak ve toplanmak üzere hazırlık yapmış. Balbay'ın günlüklerinde şu ifadeler yer alıyor: "Çetin Paşa, Aktüel'deki yazıyı okuduktan sonra demiş ki ameliyattan önce tabancam yan tarafımdaydı. Şimdi çapraz tutuştayım. O hazır, onunla ilgili gidişte bir sorun yok. Ameliyattan önce İzmir'de ordu komutanlarıyla konuşmak, toplanmak üzere hazırlık yaptı. Orada yapacağı konuşmayı hazırladı. Bunu bilgi olsun diye Genkur'a (Hilmi Özkök) gönderdi. Yaşar Paşa (Yaşar Büyükanıt) bir üste iletmedi. Konuşması ağırdı. Türkiye böyle gitmez, hükümet bu işi götüremiyor, türündeydi. Kesin konuşmayı yapacaktı. Aytaç Paşa (Aytaç Yalman) yap demiş." Yine Balbay'ın notlarına göre, 25 Nisan 2003'te Şener Eruygur ile CHP lideri Deniz Baykal telefonlaşıyor. Önce Eruygur'un Baykal'ı aradığı, sonra da Baykal'ın Eruygur'u aradığı not edilmiş. İkilinin konuşmaları ve Eruygur'un ifadeleri günlüklere şu şekilde yansımış: "O gün Baykal'ı aradım. Sonra o beni aradı. 'Sizde bir sarsılma var' dedi. Ben 'yok' dedim. MGK'da gereken söylenecek, MGK iyi geçecek. Tek neden türban değil. Ama bunlar ona indirgiyor. 'MGK'da millet affetmeyecek, ne demek (Erdoğan söylemişti) onu da soracağız. İşimiz zor ama bunlarla mücadele edeceğiz." "28 ŞUBAT'IN ARKASINDAYIM" Aktüel dergisine konuşan Doğan, 28 Şubat sürecinde 'hatalar yapılmış olabileceğini' belirtmişti. Doğan, "O dönemde seçimle iktidara gelemeyen ya da gelemeyecek bazı siviller, dosyayı koltuğunun altına koyup Genelkurmay'ın kapısını çalıyordu. Askerin etrafında, askerden çok siviller geziyordu." diye konuşmuştu. 28 Şubat'ta yaptıklarının hala arkasında olduğunu belirten Doğan, yaptıkları şeylerin hukuka uygun olduğunu iddia etmişti. Brifingleri ile ünlü 28 Şubat sürecinde gazetecileri etkilemek için özel jest ve mimik kullandığını anlatan Doğan Paşa, bu konuda ise şunları söylemişti: "O dönemde Genelkurmay'da brifing vermek için gazetecileri toplamışız. 'Türkiye Cumhuriyeti'nin devleti ve milletiyle bölünmez bütünlüğünü koruma görevi sadece Türk Silahlı Kuvvetleri'nin değil bütün yurttaşların ortak görevidir.' dedim. Ertesi gün birçok gazeteci bize hak verdiğini gösterir şekilde 'demokrat olmak için ille de sivil elbise giymek gerekmiyormuş' diye yazdı." Batı Çalışma Grubu'nun kurucusu olan emekli Orgeneral Çetin Doğan, 28 Şubat sürecinde seçimle işbaşına gelemeyeceğini bilen sivillerden bilgi belge desteği gördüklerini açıklamıştı. Ayrıca, eski 1. Ordu Komutanı emekli Orgeneral Çetin Doğan, Cumhurbaşkanı Abdullah Gül'e yönelik açtığı davayı kaybetmişti. Cumhurbaşkanı Gül, Hoca Ahmet Yesevi Uluslararası Türk-Kazak Üniversitesi'nin eski mütevelli heyeti başkanı emekli Orgeneral Çetin Doğan'ı, 8 Mart 2008'de görevden almış, yerine ise Prof. Dr. Osman Horata'yı atamıştı. Doğan, kararın yürütmesinin durdurulması ve iptali istemiyle dava açmıştı. Avukatı Tezcan Çakır aracılığıyla Ankara İdare Mahkemesi'ne yaptığı bu müracaatı reddedilmişti. Doğan, 10. Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer tarafından 20 Temmuz 2006 tarihinde bu göreve atanmıştı. Fakat Gül tarafından 7 yıllık görev süresi dolmadan görevinden alındığı için dava açmıştı. SİVİL TOPLUMU BASKIYA ÇAĞIRMIŞTI Diğer yandan, Emekli Orgeneral Çetin Doğan, Türkiye'de durumun iyi gitmediğini öne sürerek, sivil toplum örgütlerini siyasete davet etmişti. Acilen harekete geçilmesi gerektiğini ifade eden Doğan, 'orta sol' ve 'orta sağ'da yeni bir oluşum başlatılmasını istemişti. İzmir Kültür ve Dayanışma Derneği'nin düzenlediği panelde konuşan Çetin Doğan, 'Kurtuluş nerededir?' sorusuna, "28 Şubat sürecinde ülkede koalisyon hükümeti vardı. O günkü şartlarda koalisyonun alternatifleri bulunuyordu. Şimdi ise maalesef bu şans yok. Meclis'te çıkış yolu bulacak bir yapılaşma görünmüyor. Onun için sivil toplum örgütleri 'orta sol' ve 'orta sağ'da buluşarak güçlerini birleştirmelidir. Meclis'te başka partilerin de bulunması gerekiyor. Bu olmuyorsa sivil toplum örgütleri siyasi partiler üzerinde baskı kurmalı. Sivil toplum örgütlerinin siyasal bir mücadeleyi tetiklemesi gerekmektedir. Hem sol hem de sağda ortak bir payda üzerinde güçlerini birleştirmeleri ve çağ dışı gidişe dur demeleri lazım. Bunun için de aradaki sol ve sağ nüanslar göz ardı edilmeli." (CİHAN)