YARSAV Başkanı Eminağaoğlu'nun 1988 tarihli "çürük rapor"unun günlerce basında yer alması üzerine Askeri Savcılık harekete geçti. Konuyla ilgili soruşturma başlatan savcılık Etimesgut Hastanesi'nden 12 kişiye dava açtı. Dava açılanlar arasında hastanenin eski ve yeni baştabibi de bulunuyor. Soruşturmaya sebep olan çürük raporu uzun bir süredir YARSAV Başkanı'nın başını ağrıtıyor, Eminağaoğlu'nu zor durumda bırakıyordu. Konuyla ilgili defalarca basının karşısına çıkan Ömer Faruk Eminağaoğlu, iki doktorun sağlam teşhisi koymasına rağmen nasıl çürük raporu aldığını bir türlü açıklayamıyordu. Hakkındaki suçlamalar ayyuka çıkınca, YARSAV Başkanı raporu onaylatmak için koşa koşa hastaneye gitti. Nedense ilk olarak da GATA'yı seçti. Ekranda görüldüğü gibi de hastanenin kapısında generaller gibi karşılandı. Ve GATA raporuyla askerlikten 2. defa kurtulmayı başardı. YARSAV Başkanı’yla ilgili iddialar çürük raporuyla sınırlı değil.. Türkiye, Eminağaoğlu'nu ölüm cephaneleri ortaya çıkan ve darbe teşebbüsleri deşifre olan Ergenekon sanıklarını savunmasıyla da tanıdı. Eminağaoğlu, her operasyondan sonra tekrar ortaya çıktı ve yargı mensuplarına ağır hakaretler yağdırdı onları baskı altına almaya uğraştı. Eminağaoğlu'nun bu bağırtılı tepkilerinin sebebi kısa süre sonra anlaşıldı. Ergenekonun ikinci iddianamesinde yer alan bilgi ve belgelerden, YARSAV Başkanı'nın sanık Şener Eruygur'la yakınlığı ortaya çıktı. İddianamede yer alan bir ihbarda, Eminağaoğlu'nun Ergenekon’un istihbaratçısı gibi çalıştığı iddia ediliyor. Kardan Adam kod adını kullanan itirafçı, sanık Levent Ersöz ve Hasan Atilla Uğur'un Başbakan hakkında topladığı gizli bilgileri, YARSAV Başkanı’yla paylaştıklarını anlatıyor. YARSAV Başkanı iddia edilen bu Ergenekon faaliyetleri ve desteklerinden en ufak bir ceza bile almadı. Dahası hakkında somut bir dava dahi açılmadı. Ama ne ilginçtir ki Eminağaoğlu'nu askerlikten muaf tutan çürük raporunu sızdırdıkları iddia edilen hastane personeli şimdi askeri mahkemede yargılanacak.