Cumhurbaşkanlığı, Ergenekon soruşturmasında tutuklandıktan sonra cezaevinden hastalığı nedeniyle tahliye edilen ve tedavi gördüğü hastanede yaşamını yitiren iş adamı Kuddusi Okkır'ın, affedilmesi amacıyla Cumhurbaşkanlığı'na başvuruda bulunulduğu ve başvuruya yanıt alınamadığı yönündeki iddiaları yalanladı. Cumhurbaşkanlığı Basın Merkezi'nden yapılan yazılı açıklamada, Cumhurbaşkanı'nın af yetkisini kullanabilmesi için Anayasanın 104'üncü maddesine göre, affedilmesi istenen kişinin hükümlü durumunda olmasının şart olduğu vurgulandı. Açıklamada, "Af yoluyla hürriyeti bağlayıcı cezanın hafifletilmesi veya kaldırılması söz konusu olduğundan, ortada kesinleşmiş bir ceza mahkumiyeti bulunmalıdır" denildi. Kuddusi Okkır'ın, eşi veya avukatı tarafından, Cumhurbaşkanlığı'ndan herhangi bir af talebinde bulunulmadığının belirtildiği açıklamada şunlar kaydedildi: "Bu sebeple, adı geçenin af talebinde bulunduğu ve Sayın Cumhurbaşkanı'nın af yetkisini kullanmadığı yolunda çıkan haberler gerçek dışı ve üzücüdür. Sadece, adı geçenin müdafii sıfatıyla Avukat Celal Şen tarafından, müvekkili Kuddusi Okkır'ın Tekirdağ F Tipi Yüksek Güvenlikli Kapalı Ceza İnfaz Kurumu'nda tutuklu bulunduğu sürede sağlık sorunları oluştuğu gerekçesiyle, tutuksuz yargılanmasına karar verilmesi talebini içeren bir dilekçe 18.04.2008 tarihinde Genel Sekreterliğimize ulaşmıştır. Söz konusu dilekçe, talebin Cumhurbaşkanlığının görev ve yetki alanına girmemesi sebebiyle 28/04/2008 tarihinde Adalet Bakanlığı'na resmi bir yazıyla iletilmiş ve aynı gün Avukat Celal Şen'e de resmi bir yazıyla talebinin Adalet Bakanlığı'na gönderildiği bildirilmiştir. Bu itibarla, anılan haberlerde yer alan iddialar, gerçeği yansıtmamaktadır."