28 Şubat sürecinde Genelkurmay İkinci Başkanı olarak görev yapan Orgeneral Çevik Bir'in 'imam hatip liselerinin şube açmasını' engellemek amacıyla Mesut Yılmaz başkanlığındaki 55. hükümete uyarı yazıları gönderdiği ortaya çıktı. DSP'li Hikmet Uluğbay'ın Milli Eğitim bakanlığı dönemine denk gelen yazılar sonrası çok sayıda öğretmen mağdur edildi. Yurtdışında görev yapan öğretmen ve ataşeler geri çağrıldı. Bir, 1998'de de 'irticai grupların önlenmesi' için YÖK'e baskı yapmıştı. 28 Şubat 1997'de alınan MGK kararları sonrasında Mesut Yılmaz'ın kurduğu 55. hükümetin ilk ayında bakanlığa 'gizli' ve 'kişiye özel' yazılar gönderen Çevik Bir, Necmettin Erbakan'ın başkanlığındaki 54. hükümeti 'yandaş kadrolaşma' ile suçluyor. "54. hükümet tarafından MEB'de kadrolaşma faaliyetleri kapsamında yasalara aykırı olarak kendi yandaşlarına birtakım imkânların sağlandığı belirlenmiştir." ifadesiyle başlayan yazıda, Türk cumhuriyetlerine gönderilen 100 öğretmenin seçimi eleştiriliyor. Bu kişilerin 'özel bir tertiple' seçildiği iddia ediliyor. Milli Eğitim müşaviri ve yardımcısı seçiminde de 'mevzuata aykırı davranıldığı' ihbarı yapılıyor. Açma yetkisi Ortaöğretim Genel Müdürlüğü'nde olan çok programlı liselerin 'bakan onaylı bir genelge ile Din Öğretimi Genel Müdürlüğü dahil olmak üzere diğer genel müdürlüklere devredilmesi' de eleştirilen Çevir Bir'in yazısında, "İmam hatip okullarının açılması durdurulmuş olmasına rağmen şube olarak ayrı bir bina yapılmak suretiyle çoğalmaya devam etmektedirler." cümlesi dikkat çekiyor. Yazıyı 'gereği için' Milli Eğitim Bakanlığı'na gönderen Genelkurmay İkinci Başkanı, 'konunun tetkik ve takibini' de istiyor. 31 Temmuz 1997 tarihli yazının ardından dönemin Milli Eğitim Bakanı Hikmet Uluğbay ilgililer hakkında soruşturma açıyor. Uluğbay, ilgili bürokratlara ceza verip görevden alıyor. Yurtdışına gönderilen öğretmen ve müşavirlerin bir kısmı geri çağrılırken, bir kısmının ise süreleri uzatılmıyor. Genelkurmay'ın yazısı sonrasında Din Öğretimi Genel Müdürlüğü'ne uzun yıllar yeni ÇPL bağlanmazken, imam hatiplerin şube açmalarına yıllarca izin verilmiyor. Dönemin Genelkurmay İkinci Başkanı Çevik Bir, 14 Temmuz 1998 tarihli YÖK'e gönderdiği yazıda 'irticai grupların istismarı' için ÖSS sisteminde değişiklikler yapılmasını istemiş, Kemal Gürüz başkanlığındaki YÖK ise 10 yıldır uygulanan ve tüm meslek liselerini mağdur eden 'katsayı' sistemini getirmişti.