Balyoz davası sanığı Doğan, görevde olduğu dönemde İstanbul Emniyet Müdürü Hasan Özdemir'den, misyonerlik faaliyeti yürüttüğü ve PKK'lılara burs verdiği iddia edilen Çağdaş Eğitim Vakfı'na operasyon yapılmamasını istemiş. Balyoz davasının bir numaralı sa nığıl. Ordu eski Komutanı emekli Orgeneral Çetin Doğan'ın, misyonerlik faaliyetleri yaptığı, PKK'lı öğrencilere burs verdiği, MİT, Jandarma ve Özel Kuvvetler Komutanlığı tarafından rapor edilen Çağdaş Eğitim Vakfı'na (ÇEV) yönelik operasyonların durdurulması için çaba harcadığı iddia edildi. Doğan'ın 2002 yılında bir otelde dönemin İstanbul Emniyet Müdürü Hasan Özdemir ile görüştüğü ve soruşturmanın sona erdirilmesini istediği belirtildi. Operasyonları durdurun ÇYDD ve ÇEV'e yönelik hazırlanan iddianamenin ek klasörlerinde yer alan bilgiye göre Çetin Doğan, ÇEV'e yönelik operasyonların durdurulması için girişimlerde bulunmuş. Dönemin Genelkurmay Adli Müşaviri ve Ergenekon davası sanığı emekli Tümgeneral Erdal Şenel'-den ele geçirilen dijital verilerde bulunan bilgiye göre, Doğan, görevdeyken 8 Haziran 2002 tarihinde Beşiktaş'ta bir otelde dönemin İstanbul Emniyet Müdürü Hasan Özdemir ile bir araya geldi. Emekli Orgeneral Necdet Timur ve Şenel'in de katıldığı toplantıda askerler, Özdemir'den ÇEV ile ilgili operasyonların sona erdirilmesini istedi. Operasyonların sürmesi durumunda vakfın zor durumda kalacağı belirtildi. Bu talep karşısında Özdemir, yapacağı bir şey bulunmadığını söyledi. Özdemir, MİT'in vakıfla ilgili olumsuz rapor hazırladığını, rapora göre ÇEV'in misyonerlerle işbirliği için de olduğunun anlaşıldığını aktardı. Askerlerin çabalarının sonuçsuz kaldığı belirtilen yazıda, Şenel'in Çetin Doğana, "Ben komuta katından habersiz olarak buraya geldim. Lütfen buna göre davranınız" dediği belirtiliyor. PKK'lıya burs veriyordu ÇYDD iddianamesinde, Şener Eruygur'dan ele geçirilen bir belgede jandarma istihbarat birimlerinin "2003 yıkıda Gül seven Yaşer ve başkanı olduğu ÇEV'in PKK'lılara burs verdiği, vakıfta yapılan aramada PKK ile ilgili örgüt dokümanları, Abdullah Öca lan'm kitaplarının bulunduğu" şeklinde tespitlerin yer aldığı belirtilmişti. Buna rağmen Eruygur'un Yaşer ve vakıfla ilişkisini sürdürdüğü ortaya çıkmıştı. MİT'in tespitlerine göre de ÇEV, Türkiye'de misyonerlik faaliyetlerinde bulunuyor. Atatürkçülükle maskelemeye çalışmışlar ÇEV'in misyonerlik faaliyetlerinde bulunduğunu MİT'in yanı sıra Özel Kuvvetler Komutanlığı'nın da belirlediği ortaya çıktı. Çetin Doğan'ın korumaya çalıştığı belirtilen vakfın bu faaliyetleri, Özel Kuvvetler Komutanı Tümgeneral Nevzat Bekaroğlu imzasıyla Genelkurmay Harekât Başkanlığı-'na gönderilen ve İstihbarat Albay Sedat Veyisoğlu imzasını taşıyan "gizli" ibareli bilgi notunda da anlatılıyor. Notun "değerlendirme" bölümünde, "Vakıf çalışanlarının ulusal kimlik ve üniter yapı anlamının bir değer taşımadığı fikrini yaydıkları, ABD kültürünü yayma misyonerliği yaptıkları, bu çalışmalarını Atatürkçülük ve irtica ile mücadele gibi konularla maskelemeye çalıştıkları değerlendirilmektedir" deniliyor.