Gazeteci-yazar Mehmet Paksu'nun Fatih Camii'nde kıldırdığı cenaze namazına Üstad'ın talebelerinden Mehmet Fırıncı, Hüsnü Bayram ve çok sayıda seveni katıldı. Kırıkçı'nın naaşı, Zeytinburnu Kazlıçeşme'deki aile mezarlığına defnedildi. Mustafa Kırıkçı Necmeddin Şahiner'in kaleme aldığı 'Son Şahitler' adlı kitapta Üstad ile görüşmesini şöyle anlatmıştı: "Zannediyorum, 1958 senesi idi. Üstad'ı ziyaret için Isparta'ya gitmiştim. Üstad'ın o sırada yardımcılarının hepsi Ankara'da hapis oldukları için, evinde yalnız kalmıştı. Bana, yanındaki yardımcıların hapse konulmasındaki maksadın, 'Kendisini yalnız bırakarak müşkül bir vaziyete sokmak' olduğunu anlattı. Ayrılmak için ben ayağa kalkınca, Üstad da kalktı, bu hiç görmediğim bir haldi. Benimle beraber odasının kapısına kadar geldi. Orada bana şöyle dediğini hiç unutamam: "Ben çoktan beri bir Mustafa bekliyordum, meğer o Mustafa senmişsin."