İddianamenin eklerine giren Alevilerle ilgili fişlemelerin, savcının görüşüymüş gibi yansıtıldığı ortaya çıktı. Konuyu CHP lideri Deniz Baykal gündeme getirmiş, ek klasörlerden "Saldıray Berk, Erzincan ve civarında bulunan Alevi köyleri ile yakından ilgilenmektedir." cümlesini okumuştu. Bazı medya organları da bunu "Alevi sevgisi de suç" mantığı ile işlemişti. Ancak söz konusu ifadelerin, Ergenekon sanığı olan Jandarma Başçavuş Orhan Esirger'in harddiskinden çıkan fişlemeler olduğu tespit edildi. Yani Ergenekon sanıkları birbirlerini de takibe alarak fişlemişti. Ancak bu, iddianameyi hazırlayan savcıyı suçlama unsuruna dönüştürüldü. İrtica ile Mücadele Eylem Planı'nı Erzincan ve bölgesinde hayata geçirdikleri gerekçesiyle hazırlanan iddianamenin eklerinde, davanın bir numaralı sanığı 3. Ordu Komutanı Org.neral Saldıray Berk hakkında yapılan fişleme de yer alıyor. CHP Genel Başkanı Deniz Baykal'ın grup toplantısında sadece iki cümlesini okuduğu fişleme, basında "Alevi sevgisi de suç" mantığı ile işlendi. Söz konusu değerlendirmenin Erzurum Cumhuriyet Savcısı'na ait olduğu izlenimi oluşturuldu. Oysa alıntı yapılan ifadeler Erzincan iddianamesinde sanık olan Jandarma Başçavuş Orhan Esirger'in laptop bilgisayarının hard diskinde çıktı. "3'üncü Ordu Komutanı Org. Saldıray BERK ile ilgili değerlendirme.docx" isimli dosyada şu ifadeler yer alıyor: "Saldıray Berk, Erzincan ve civarında bulunan Alevi köyleri ile yakından ilgilenmektedir. Bu köylerin ihtiyaçlarının giderilmesi için ordunun imkânlarını kullanmaktadır. Yaptığı bu faaliyetler dolayısıyla Alevi köyleri ve dedeler tarafından sevilmekte ve kendisine takdir beratları verilmektedir. Saldıray Berk, Sünni köyler ve Sünni liderlerle ilgilenmemektedir. Saldıray Berk'in Alevi köy ve Dedeleri ziyaretinde, hanımefendi her zaman kendisine eşlik etmektedir. Saldıray Berk'in, cemevleri ve Alevi köylerine olan ilgisi, kendini meşrep olarak Aleviliğe yakın hissetmesinden kaynaklandığı değerlendirilmektedir." Deniz Baykal, Ergenekon soruşturmasıyla ilgili eleştirilerde bulunduğu TBMM grup toplantısında söz konusu değerlendirmenin sadece ilk iki cümlesini okudu. Aktardığı cümleler şunlardı: "Saldıray Berk, Erzincan ve civarında bulunan Alevi köyleri ile yakından ilgilenmektedir. Bu köylerin ihtiyaçlarının giderilmesi için ordunun imkânlarını kullanmaktadır." ZAMAN