Ergenekon davasının pazartesi günkü duruşmasında, aralarında CHP milletvekillerinin de bulunduğu çok sayıda kişinin duruşma salonu önünde olay çıkarması üzerine Silivri Cumhuriyet Başsavcılığı, olaylar ve olaya karışanlar hakkında soruşturma başlatmıştı.  CHP lideri Kemal Kılıçdaroğlu, dünkü grup toplantısında soruşturmanın Başbakan Erdoğan'ın talimatıyla başlatıldığını öne sürmüş, Hürriyet Gazetesi de bu iddiayı 'Erdoğan gereği yapılsın dedi, savcı harekete geçti' başlığıyla haber yapmıştı. Söz konusu iddialara ilişkin bugün Başsavcılık'tan yapılan açıklamada "Soruşturma başlatılmasında herhangi bir makam ya da merciin talimatı söz konusu değildir" denildi. Silivri Cumhuriyet Başsavcılığı'ndan yapılan yazılı açıklamada şu ifadelere yer verildi: "İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nde yargılaması yapılan ve kamuoyunda 'Ergenekon davası' olarak bilinen davanın 8 Nisan 2013 tarihindeki duruşması sırasında meydana gelen olaylarla ilgili, kolluk mercilerinin olay anında bilgilendirmesi üzerine Cumhuriyet Başsavcılığımızca gerekli talimatlar verilerek aynı gün soruşturma başlatılmıştır.  Şüphelilere yönelik kimlik tespit çalışmaları ve sair soruşturma işlemleri devam eden olaylarla ilgili Silivri Ceza İnfaz Kurumlarının bağlı bulunduğu Bakırköy Cumhuriyet Başsavcılığının suç duyurusu üzerine başlatılan ayrı bir soruşturma bulunmaktadır.  Cumhuriyet Başsavcılığımızca Ceza Muhakemesi Kanunu'nun 160 ve 161. Maddelerinde belirtilen yasal görev ve yetki kapsamında suça konu eylemlerin işlendiğinin öğrenilmesi ile birlikte başlatılan soruşturmada, herhangi bir makam ya da merciin talimatı/yönlendirmesi söz konusu değildir. Aksi yöndeki iddia ve yorumlar gerçeği yansıtmamaktadır."