Hükümet aleyhine kara propaganda yaptığı tespit edilen söz konusu sitelerin ortaya çıkmasından sonra Genelkurmay açıklama yaparak, bu sitelerin kurulması için Başbakanlık'tan emir geldiğini duyurdu. Fakat Başbakanlık, böyle bir emrin bulunmadığını belirterek Genelkurmay'a emrin kim tarafından ve ne zaman verildiğini sordu.. Genelkurmay'da bunun üzerine emrin merhum Başbakan Bülent Ecevit zamanında ve sözlü olarak verildiğini açıkladı.. Genelkurmay sitelerin varlığını dönemin adli müşaviri Hıfzı Çubuklu'nun bu açıklamasıyla kabul etti; ancak direktifin kimden ve ne zaman geldiğini tam olarak açıklayamadı. Yaşanan bu sürecin sonunda olaya Ergenekon Savcısı Zekeriye Öz el koydu. İnternet andıcı soruşturmasını yürüten savcı Zekeriya Öz, Başbakanlık'a yazı yazarak, soruşturmaya konu olan internet sitelerinin kurulması ve yayın yapmasının talimatının Başbakanlık tarafından verilip verilmediğini sordu. Savcı Öz'ün bu sorusuna Başbakanlık'tan geçtiğimiz günlerde yazılı bir cevap geldi. Başbakanlık tarafından İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na gönderilen yazıda, internet sitelerinin kurulması yönünde Başbakanlık'ın herhangi bir talimatının olmadığı belirtildi. Soruşturmayı derinleştiren Zekeriya Öz, eski 1. Ordu Komutanı emekli Orgeneral Hasan Iğsız ile Koramiral Mehmet Otuzbiroğlu'nun da ifadesine başvurdu.. 17 Ağustos 2010 yılından beri olayı soruşturan Ergenekon Savcısı Zekeriye ÖZ'den dosya alınmak istendi; ancak Öz, Başsavcı vekili Turan Çolakkadı'ya dosyayı teslim etmedi.. Başbakanlığın Hıfzı Çubuklu'nun sözlerinin aksine sitelerin kurulması yönünde bir talimatlarının olmadığını belirtemesinden sonra soruşturma oldukça farklı bir boyut kazandı..