Çevre ve Orman Bakanlığı tarafından yapılan çalışmalarla kirlilikten kurtulan ve tekrar hayata dönen göl, bölge halkı başta olmak üzere 25 türe ait 64 bin 814 su kuşu için umut ışığı oldu. Gölü besleyen en önemli su kaynağı olan Büyük Menderes Nehri'nden tarım sulaması maksadıyla yaz aylarında havza boyunca su çekilmesi, seviyenin düşmesine sebep oluyordu. Bu durum tuzluluk oranını arttırırken Muğla'nın Milas ilçesi sınırlarında bulunan yağ üretim tesislerinin yol açtığı kirlilik de balık ölümlerini çoğaltıyordu. Bunnu üzerine harekete geçen bakanlık, 2005 yılında yapımına başlanan Bafa Gölü Tabiat Parkı'nın uzun devreli gelişme planını tamamlayarak 2008'de hizmete girmesini sağladı. Yaklaşık iki yıldır yapılan denetim ve çalışmalar sayesinde göl, adeta hayata yeniden "merhaba" dedi. Doğa Koruma ve Millî Parklar Genel Müdürlüğü'nce izin verilen, Dokuz Eylül Üniversitesi Deniz Bilimleri Enstitüsü tarafından yürütülen Bafa Gölü'nün Jeolojik Yapısı ve Kirliğin Araştırılması Projesi kapsamında, geçen ağustos ve eylül aylarında 17 noktada, yüzey ve dip olarak iki farklı derinlikte ölçümler yapıldı. Yangına en hassas bölge olan "Canlı Balık" mevkisinde ise yangın korumaya dönük çalışmalar yürütüldü. Gölün kurtarılması için yapılan çalışmaların miladı ise Çevre ve Orman Bakanı Veysel Eroğlu'nun, 2003 yılında DSİ Genel Müdürü olduğu dönemde hayata geçirilen "Şişme Savak Projesi" oldu. Sulak alanlardaki koruma projeleri arasında dünyada ilk 10 arasında yer alan bu projeyle göldeki balık potansiyeline doğrudan tesir eden Serçin Gölü ve dolayısıyla Bafa Gölü'nün su seviyesini gerekli seviyede tutmak ve böylece balık verimini yükseltmek maksadıyla modern bir regülatör olan şişme savak yaptırıldı. Tuzlu suların geçişini engelleyerek çevre arazilerin tuzlanıp çoraklaşmasını da önleyen sistem sayesinde arazilerin su altında kalması engellenirken aynı zamanda biriktirilen suyla sulama da yapıldı. Büyük Menderes Nehri Kabartma Tesisi (Lastik Regülatör), Serçin Priz Yapısı ve Besleme Kanalı vasıtasıyla nehirden Bafa Gölü'ne su takviyesi yapılarak, aynı zamanda göldeki tabii hayat ve ekolojik dengenin de sürdürülmesi sağlandı. Uzun vadeli gelişme projesi kapsamında yapılan araştırmalarda ise gölün genelinde ciddi bir kirlilik tespit edilmedi. Yaklaşık 200 yıllık geçmişindeki kirlilik ve sedimentasyonuna yönelik çalışmalar ve ağır metal kirliliğine ilişkin değerlendirmeler devam ediyor. Diğer araştırma ve ölçümler de 2011 Haziran ayına kadar tamamlanacak.