Ümraniye ilçesinde bir evde ele geçirilen patlayıcı maddeler nedeniyle başlatılan ve ''Ergenekon'' adı verilerek genişletilen soruşturmada, 1909 sayfalık ikinci iddianame hazırlanarak İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesine gönderildi. İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığından yapılan yazılı açıklamada, 12 Haziran 2007 tarihinde İstanbul Ümraniye ilçesinde bir evde ele geçirilen patlayıcı maddeler sebebiyle başlatılan ve genişletilerek sürdürülen soruşturmada, 10 Temmuz 2008 tarihinde açılan birinci kamu davasından sonra devam ettirilen soruşturmanın sonuçlandırıldığı bildirildi. Açıklamada, 8 Martta 2009/511 soruşturma sayılı 1909 sayfadan oluşan iddianame ile ikinci kamu davası açıldığı ve 10 Martta UYAP sisteminden İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesine tevzi edildiği belirtildi. İddianamede 21 tutuklu, 35 tutuksuz olmak üzere 56 şüpheli olduğu ifade edilen açıklamada, yakın tarihlerde soruşturmaya dahil edilen 48 tutuklu, 29 tutuksuz olmak üzere 77 şüpheli hakkındaki soruşturma evrakının tefrik edildiği ve bunlar hakkındaki soruşturmanın devam ettiği kaydedildi. 2.İDDİANAMEDEN: TBMM VE HÜKÜMETİ ORTADAN KALDIRMA SUÇLAMASI Ergenekon soruşturmasının ikinci iddianamesi 8 Mart 2009'da tamamlandı. Bin 909 sayfalık iddianame 10 Mart 2009 tarihi itibariyle UYAP sistemi üzerinde 13.Ağır Ceza Mahkemesi'ne iletildi. İstanbul Cumhuriyet Başsavcı Vekilliği'nce yapılan yazılı açıklamada şöyle denildi: "12 Haziran 2007 tarihinde İstanbul ili Ümraniye ilçesinde bir evde ele geçirilen patlayıcı maddeler sebebiyle başlatılan ve müteakip tarihlerde genişletilerek sürdürülen soruşturmayla ilgili olarak 10 Temmuz 2008 tarihinde açılan birinci kamu davasından sonra sürdürülen soruşturmanın ikinci aşaması tamamlanmış ve İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'nın CMK'nın 250'inci maddesi ile yetkili Cumhuriyet Başsavcı Vekilliği'nin 08.03.2009 tarih ve 2009-551 soruşturma sayılı iddianamesi ile ikinci kamu davası açılmıştır. Toplam 1909 sayfadan ibaret olan bu iddianame 10 Mart 2009 tarihinde UYAP sistemi üzerinden 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ne tevzi edilmiştir. Bu iddianamede 21 tutuklu 35 tutuksuz olmak üzere 56 şüpheli mevcut olup yakın tarihlerde soruyturmaya dahil edilen 48 tutuklu, 29 tutuksuz olmak üzere 77 şüpheli hakkındaki soruşturma evrakı tefrik edilerek, bunlar hakkındaki soruşturmaya devam edilmektedir." Açıklamada isimleri belirtilmeyen 2 şüphelinin "Örgüt yöneticisi olmak, Cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Büyük Millet Meclisi'ni ve Türkiye Cumhuriyeti Hükümeti'ni ortadan kaldırmaya veya görevlerini yapmasına kısmen veya tamamen engellemeye teşebbüs, Türkiye Cumhuriyeti Hükümetine karşı silahlı isyana tahrik, Devletin güvenliğine veya iç veya dış siyasal yararlarına ilişkin belgelerini kullanmak, Devletin güvenliğine ilişkin belgeleri temin etmek, Kişisel verileri hukuka aykırı olarak kaydetmek, Adil yargılamayı etkilemeye teşebbüs suçlarından, ayrıca örgütün üst düzey yöneticileri olduklarından yasa gereği örgüt üyelerinin işledikleri suçlardan yargılanlamaları talep ediliyor.