Danıştay İdari Dava Daireleri Kurulu, baktığı bir davada, 633 sayılı Diyanet İşleri Başkanlığının Kuruluş ve Görevleri Hakkında Kanunu'na 1999 yılında eklenen Ek Madde 3'ün birinci fıkrasının üçüncü tümcesi ile ikinci fıkrasının Anayasa'ya aykırı olduğunu ileri sürerek, Anayasa Mahkemesi'ne başvurmuştu. Yüksek mahkeme, bu hükümlerin iptali ve yürürlüklerinin durdurulması istemini esastan görüşecek karara bağladı. Heyet, Ek Madde 3'ün birinci fıkrasının üçüncü tümcesindeki, ''ilköğretimin 5. sınıfını bitirenler için tatillerde ve Milli Eğitim Bakanlığı'nın denetim ve gözetiminde yaz Kur'an kursları açılır'' ibaresini ile ''Kur'an kurslarının açılış, eğitim öğretim ve denetimleri ile bu kurslarda okuyan öğrencilerin barındığı yurt veya pansiyonların açılış ve çalışmalarına dair hususların yönetmelikle düzenleneceği'' öngören hükmün iptal istemini oy çokluğuyla reddetti. Ayrıca Anayasa Mahkemesi, SSK Hastanelerinin Sağlık Bakanlığı'na devrine yapılan itirazı da reddetti.