Ancak, son dönemde ortaya çıkan bilgi belge ve dokümanlar, zaman zaman kurumu yönetenlerin bu asli vazife dışında faaliyetlere girdiği, kurumun bazı birimlerini de alet ettiği iddiasını gündeme getiriyor. Deşifre olan son fişleme raporunda 7 yaşındaki kız çocuğunun bile tehdit unsuru olarak kayda alınması bu iddianın en önemli delillerinden biri. Gazeteci yazar Mehmet Altan'a göre bu bir çarpıklık... Ordunun görevi ülkeyi savunmak diyen ünlü akademisyen ve gazeteci Mehmet Altan, Türkiye'de ise Silahlı Kuvvetler adını kullanan bazı komutanların ülkeyi yönetmeye çalıştığını ileri sürüyor. Ergenekon soruşturması sürecinde ulaşılan gizli belgeler, terörle mücadele ediyor denilen bazı birimlerin, büyük oranda fişleme yaptığını gözler önüne sermişti. Türkiye'nin il il, ilçe ilçe fişlediğine dair çok sayıda raporlar bulundu. Hatta millete komplo belgeleri, vatandaşa tuzaklar kurulmasını isteyen talimatlar ele geçirildi. Kurum asıl görevine yoğunlaşmadığı için bir çok problemin ortaya çıktığını iddia eden gazeteci yazar, Kıbrıs harekatında batırılan gemiyi ve orduya ait mayınlara basıp şehit olan askerleri örnek veriyor. Altan, ordu içinde odaklanan cuntacıların da sahiplenilmesinin ordunun imajınını zedelediği görüşünde. Peki bütün bu problemler nasıl hallolacak? Mehmet Altan'a göre Türkiye'de işlerin rayına girmesi için ordunun asli görevine dönmesi gerekiyor. Bunun olabilmesi için de bazı değişikliklerin olması şart.