Polise yapılan operasyon kapsamında Eski Emniyet Müdürü Ali Fuat Yılmazer'in de evi arandı. Ali Fuat Yılmazer'in evinde yapılan arama sona erdikten sonra gözaltına alınan Yılmazer polisler eşliğinde götürüldü. Yılmazer, görevde bulunduğu dönemlerde aralarında Ergenekon, Balyoz ve KCK, gibi önemli soruşturmalar yürütülmüştü.
Yılmazer'in evinin önünde ve çevrede polis ve jandarmanın güvenlik tedbiri alması dikkat çekti.
Yılmazer, Ergenekon ve Balyoz sürecini Başbakan Erdoğan'ın bilgisi dahilinde yürüttüklerini hatta Genelkurmay Eski Başkanı İlker Başbuğ'un tutuklanma talimatını bizzat Başbakan Erdoğan'ın verdiğini şu sözlerle anlatmıştı:
"İlker Başbuğ dosyası her seferinde olduğu gibi başbakana arz edildi. Dosya arz edildiğinde başbakanımızın talimatı şu olmuştur: Mutlaka tutuklansın Genelkurmay Başkanı için söylüyorum. Bu işlemi yapacağız ama mutlaka
tutuklansın."
