Alemdaroğlu, görev süresi içinde mütekabiliyet esasına göre İstanbul ve Atina üniversitelerinde Yunan ve Türk dili bölümleri açma kararı aldığını kaydetti. Bu karara uyarak İÜ Yunan Dili Anabilim Dalı açtıklarını belirten Alemdaroğlu, Yunan jürisi tarafından ‘dostluk ödülü'ne layık bulunduğunu hatırlattı. Yunanistan'a yönelik sert söylemleriyle tanınan Alemdaroğlu, ilginç bir çıkış yaptı. Cumhuriyet gazetesine konuşan Alemdaroğlu, bir gazetede Atina Üniversitesi'nde Türk dili ve tarihi bölümü olduğunu okuduğunu anlattı. Bölümü kendisinin kurdurttuğunu belirten Alemdaroğlu, “Atina Üniversitesi rektörü 19 kişilik ekibiyle İstanbul'a geldi. İÜ’de Çağdaş Yunan Dili Anabilim Dalı'nı açtık. 30 öğrenci mezun verdik.” dedi. Alemdaroğlu, 26 Mart 2004’te İsviçre'de süren Kıbrıs müzakereleri sürecindeki ‘Çanakkale Destanı 1915' belgeselinin galasında “Sakın Kıbrıs'tan toprak vermeye kalkmayın. Gerekirse 100 bin şehit verir, Kıbrıs'ı da alırız, Yunanistan'ı da.” demişti.