ÇYDD ve Çağdaş Eğitim Vakfı'nı ele alan Ergenekon iddianamesinde farklı üniversitelere ait öğretim üyelerinin fişlendiği görülmüştü. 28 Şubat darbesinden sonra yapıldığı dikkat çeken fişlemeler arasında onlarca akademisyenin ismi bulunuyor. Fişlemeye maruz kalanlardan ikisi Sakarya Üniversitesi öğretim üyelerinden Prof. Dr. Musa Taşdelen ve Prof. Dr. Mehmet Sait Doğan. İddianamede de yer alan 19 Aralık 2000 tarihli, "Sakarya Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Sosyoloji Bölümü elemanları Prof. Dr. H. M. T. ve Yrd. Doç. Dr. M.S.D. hakkındaki şikâyettir." ibarelerinin yer aldığı raporda, iki profesör hakkında kapsamlı bir fişleme yapılmıştı. Üniversitenin Eğitim Fakültesi'nden Yrd. Doç Dr. C.B. tarafından ÇYDD'ye gönderilen raporda, iki akademisyenin 'Cumhuriyet'in temel ilkeleri başta olmak üzere eğitim ve öğretime, akademik çalışmalara ciddi zararlar verdiği' iddiaları yer alıyor. Musa Taşdelen, iddianamede yer alan kendisi ile ilgili bilgilerin doğru olmadığını söyledi. İddiaları dile getiren kişi hakkında soruşturma açılarak üniversiteden atıldığını anlattı. Taşdelen kendisini, fişleyen kişi ve ÇYDD hakkında savcılığa suç duyurusunda bulunacağını kaydetti. Prof. Dr. Mehmet Sait Doğan da kendisi hakkında bu iddiaları ortaya atan kişi hakkında hem ceza davası hem de 100 bin TL'lik tazminat davası açmaya hazırlandığını söyledi. ÇYDD yöneticilerinin yargılanacağı Ergenekon davasına da müdahil olacağını ifade eden Doğan, kendilerini fişleyen kişinin 28 Şubat döneminde de, ÇYDD ile iş birliği yaparak üniversitelerde benzer girişimlerde bulunduğunu öne sürdü.