Zaman Gazetesi'ndeki yazılarında AKP'yi savunan ifadeler kaleme alan Etyen Mahçupyan, zaman zaman da aynı gazetede çalışan diğer köşe yazarlarıyla atışmaya girerek eleştirilerde bulunmaya devam ediyor. Mümtaz'er Türköne, Şahin Alpay ve Ahmet Turan Alkan'a köşesinden cevaplar vererek incitici bir üslup kullanan Mahçupyan'a Alkan'dan önemli bir uyarı geldi. Alkan, Mahçupyan'ın bir anlığına kendisini hükümet yanlısı bir gazetede, hükümeti eleştirirken tahayyül etmesini istedi.

Etyen Mahçupyan’ın hükümet taraftarlığında benim için mahzur yok. Zaman, görüldüğü gibi yazarlarına fikrî hürriyet konforunu veren bir gazete. Mahçupyan, kendi doğrularını pekâlâ incitmeden savunabilecek iken sütun arkadaşlarını ve okuyucuyu inciten garip bir üslûp seçti. Bu bence nezaketsizlik. Artık fikirlerden değil, nezaketten bahsediyoruz ve Mahçupyan bir anlığına kendisini hükümet yanlısı bir gazetede, hükümeti eleştirirken tahayyül ederse nezaketten neyi kastettiğimi anlayacaktır.