Gerekçeli kararda, cinayeti işleyen Ogün Samast, Erhan Tuncel ve Yasin Hayal gibi isimlerin Ergenekon örgütüyle ilişkisini inceleyen davaya değinildi. Strasbourg Mahkemesi, Ergenekon'u ise şu şekilde tanımladı: "Askeri darbeyi kolaylaştırmak amacıyla siyasi rejimin istikrarını sarsmak için terör eylemleri düzenleyen, laikliği ve ulusal çıkarları koruma iddiasındaki gizli bir örgüt" Mahkeme, Dink cinayetinin yaşandığı dönemde gayrimüslimlere yönelik başka saldırılar da olduğunu hatırlatarak, devletin içinde yer alan bir grubun bu saldırılarda ihmalinin olup olmadığının da araştırılmasını istedi.