Ordunun siyaset üzerindeki etkisinin azaltılmasını isteyen AB, ilerleme raporunda söz konusu protokolü eleştirmişti. Türkiye'de tartışmaları beraberinde getiren EMASYA (Emniyet Asayiş Yardımlaşma) protokolü, AB'nin de gözünden kaçmadı. Ordunun siyaset üzerindeki etkisinin Avrupa standartlarına getirilmesi gerektiğini her fırsatta yineleyen AB, geçen yıl Kasım ayında yayınladığı ilerleme raporunda söz konusu protokolü üstü kapalı bir şekilde eleştirdi. Birlik, TSK İç Hizmet Yasası'nın değiştirilmesi gerektiğine işaret ederek, Jandarma'nın sivil yetkililer tarafından kontrol edilmesi için adım atılmasını önermişti. 2006 Türkiye İlerleme Raporu'nda, "Asker-Sivil İlişkileri" başlığı altında bir paragraf yer ayırılan EMASYA protokolü hakkında AB'nin tespitleri şöyle: "Mart ayında, TBMM Şemdinli Araştırma Komisyonu'nun taslak raporunda EMASYA adıyla bilinen gizli bir protokolün varlığı ortaya çıktı. 1997 yılında Silahlı Kuvvetler ve İçişleri Bakanlığı tarafından imzalanan protokol, iç güvenlik ile ilgili konularda belirli şartlar altında, sivil otoritelerden izin alınmaksızın askeri operasyonların yapılmasına olanak sağlıyor. Bu protokolle, ordu iç tehditlere karşı istihbarat toplayabiliyor." İÇ HİZMET YASASI DEĞİŞTİRİLMELİ TSK'ya 'geniş manevra alanı' sağlayan ve ordunun görevlerini açıklayan İç Hizmet Yasası'nın hala değiştirilmediğinin altını çizen AB, daha önceki raporlarında olduğu gibi son raporunda da, MGK'nın geniş ulusal güvenlik tanımını eleştirmişti. AB'nin sert tepkisini çeken konuların başında ise Jandarma üzerinde sivil kontrolün hala sağlanamaması gelmişti. AB, Jandarma'nın asayiş görevinde TSK kadar İçişileri Bakanlığı altında işlediğini vurgulamıştı. AB'nin 2006 yılı raporunda yer verdiği EMASYA protokolü özellikle Güney Kıbrıs basınında gündeme oturmuştu. Yenişafak