İçinde Ergenekon davasına ilişkin çok önemli delillerin olduğu DVD'nin, davaya bakan eski 13. Ağır Ceza Mahkemesi Başkanı Köksal Şengün ve davanın avukatları tarafından birlikte incelendikten sonra tahrip edildiği ortaya çıktı. Ancak, soruşturma aşamasında savcı Zekeriya Öz'ün tedbir amaçlı olarak özel kararla DVD'nin orijinaliyle birebir aynı 2 kopyasını çıkararak korumaya alması delillerin yok olmasını engelledi. Savcılık olayla ilgili soruşturma başlattı. İfadelerine başvurulan adli emanet çalışanlarının, DVD'nin Şengün'e sağlam teslim edildiğini söylediği öğrenildi. Ergenekon soruşturması kapsamında davanın sanıklarından emekli Albay Levent Göktaş'ta ele geçirilen 51 No'lu DVD'de, çok sayıda örgütsel doküman, yüksek yargı mensuplarına yönelik şantaj amaçlı çekilen müstehcen görüntüler ve fişlemeler ile Balyoz darbe planlarına ait belgeler yer alıyordu. Sanıkları zor durumda bırakan DVD'nin polis tarafından arama sırasında Levent Göktaş'ın ofisine konulduğu iddia edildi. Ancak aramalarda hazır bulunan Baro temsilcisi ve Göktaş'ın avukatları tarafından imzalanan el koyma tutanağında 51 No'lu DVD'nin olduğu ortaya çıkması bu iddiayı çürüttü. Soruşturmanın davaya dönüşmesinin ardından söz konusu DVD'nin 'adlî emanette kırıldığı' ileri sürüldü. Birçok sanık bu gerekçeyle delillerin geçersiz olduğunu savundu. DVD'nin, adlî emanette nasıl kırıldığı/çizildiği ise muamma olarak kaldı. Ancak işin aslının öyle olmadığı ortaya çıktı. İddiaya göre, söz konusu DVD o dönem İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nin başkanlığını yapan Köksal Şengün ve sanık avukatları tarafından çizilerek kullanılmaz hale getirildi. O dönem soruşturmanın savcısı olarak görev yapan Zekeriya Öz'ün söz konusu DVD'nin iki kopyasını alması delilleri kurtardı. Edinilen bilgilere göre, süreç şöyle gelişti: DVD'nin 2 kopyasının olduğundan habersiz olan Hakim Köksal Şengün, adli emanette bulunan DVD'yi incelemek üzere istedi. DVD, kâtip tarafından Şengün'ün odasına getirildi. Şengün, burada DVD'yi Ergenekon sanıklarının avukatlarıyla birlikte inceledi. Daha sonra DVD'yi getiren kâtibi çağırarak, çizilmiş olduğu yönünde tutanak tutturdu. Hazır bulunan Ergenekon sanıklarının avukatlarını da şahit olarak gösterdi. DVD'nin çizilmesi üzerine savcılık soruşturma başlattı. Adlî emanet çalışanları ve DVD'yi Şengün'e götüren kâtibin ifadesi alındı. Adlî emanet yetkilileri, DVD'nin Mahkeme Başkanı Şengün'e sağlam bir şekilde teslim edildiğini belirtti. Şengün ve avukatların incelemesinden sonra DVD'nin sivri bir cisimle çizilerek okunmaz hale getirildiğini kaydetti. Bu durum üzerine özel yetkili İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı, Köksal Şengün hakkında gereğinin yapılması için dönemin HSYK'sına başvurdu. Geçtiğimiz yıl Bolu'ya tayin olduktan sonra emekli olan Şengün hakkında konuyla ilgili bir işlem yapılıp yapılmadığı bilinmiyor. Savcı Zekeriya Öz'ün, DVD'nin aslını ve 2 kopyasını zarar görmemesi için adli emanete bıraktığı öğrenildi. Kopyalardan biri daha sonra dava dosyasına girerken savcılık diğer birebir kopya DVD 'Aslı gibidir' ibaresiyle incelenmek üzere askeri savcılığa gönderildi. Geçtiğimiz yıl Bolu'ya tayin edilen Köksal Şengün, emekli olmuştu. Şengün'ün ismi daha önce İstanbul 15. Ağır Ceza Mahkemesi'nde devam eden yargıyı yönlendirme davasında da geçmişti. İddianamede Şengün'ün, Ergenekon örgütü tarafından kıskaca alındığı ifade edilmişti. Şengün'ün Ergenekon davasının avukatlarından Tülay B. ile de ilişkisi olduğu ileri sürülmüş ve ikili arasındaki samimi telefon görüşmeleri iddianamelere yansımıştı.