İddianamenin kabulü ile birlikte Korgeneral Turgut Atman, Tümgeneral Güngör Nedim Kurubaş, Tümgeneral Beyazıt Karataş, Tuğgeneral Mehmet Eldem ve Tuğgeneral Mustafa Erhan Pamuk hakkında yakalama kararı çıkarılmıştı. Sanıkların avukatı Ali Fahir Kayacan, mahkemeye dilekçe vererek bu karar itirazda bulundu. Tutuksuz sanıkların davetiyeye rağmen mahkemeye gelmemeleri durumunda kaçak sayılacaklarını belirten avukat Kayacan, müvekkillerine henüz tebliğ gelmediğini ve dolayısıyla kaçak sayılmalarını gerektirecek bir durumun oluşmadığını savundu. Müvekkilleri ile yakalama kararı çıkarılmayan 5 tutuksuz sanığa aynı suçlama ile dava açıldığını belirten Kayacan, yakalamanın kendi müvekkilleri yönünden alınmasının gerekçenin soyut olduğunu gösterdiğini iddia etti. Dilekçede, adli kontrol yerine tutuklu yargılamada ısrar edilmesinin yargılamanın adil ve tarafsız olacağına olan inancı sarsacağı belirtildi. Dalikçede sanıkların savcılık sorgusunun ardından serbest bırakıldıkları da hatırlatıldı. İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edilen 28 sanığın yer aldığı ikinci Balyoz iddianamesinde 8 sanık ahkkında yakalama kararı çıkarılmıştı.