Genelkurmay kaynakları 2007'deki olayla ilgili soruşturma için “Bu konuda bir görmezlik ya da bilerek göz ardı durumu söz konusu değildir. Konu Genelkurmay Askeri Savcılığı'nda soruşturma aşamasındadır” bilgisini verdi. PKK'lı teröristlere "kendi adamlarımız" diyerek zayiat verdikleri gerekçesiyle Heronlar'ın düşürülmesini isteyen iki subayla ilgili skandal gündeme oturdu. 2007 yılında yaşanan olayla ilgili Genelkurmay kaynakları sessizliğini bozdu. Hürriyet'e açıklama yapan kaynaklar, “Olay, karargâhın başından beri bilgisi dahilindedir. Genelkurmay Başkanımız Orgeneral İlker Başbuğ'un Kara Kuvvetleri Komutanlığı döneminde konu karargâhına intikal etmiş ve kendisi bizzat gelen bilgiler ışığında soruşturma açılması emrini vermiştir. Bu konuda bir görmezlik ya da bilerek gözardı durumu söz konusu değildir. Şu an konu Genelkurmay Askeri Savcılığı'nda soruşturma aşamasındadır” bilgisini verdi. Uzama yetki karmaşasından Askeri kaynaklar, olayda farklı kuvvetlere mensup subayların bulunması nedeniyle (havacı, karacı ve denizci) yetki kargaşası yaşandığını ve konunun kuvvetlerin mahkemeleri arasında gidip geldiğine işaret ettiler. Bu iddialar üzerine ilk aşamada ilgili subayların sorgulandığını ve gereken adımların atıldığını belirten askeri kaynaklar, soruşturma aşamasındaki konunun Genelkurmay Askeri Savcılığı'nın iddianamesinin ardından mahkemeye taşınabileceğini bildirdiler. ‘Heron'u çek, zayiat çok' Bugün Gazetesi'ndeki haberde PKK'lıları bir subayın, bir yarbayı arayarak "Heronların ya koordinatlarının değiştirilmesini ya da düşürülmesini" istediği ortaya çıkmıştı. 10 Ekim 2007'de Ankara'daki sabit telefondan bir GSM numarasını arayan subay, Heron'ların çok iyi tespit yaptığını, PKK elemanı olan kendi adamlarının çok zayiat verdiğini aktardı. Heron'ların düşürülmesini ya da koordinatlarının değiştirilmesini isteyen subaya karşı taraf, bir çaresine bakacağı cevabını verdi. Konuşmayı tespit eden MİT, konuyu Kara Kuvvetleri Komutanlığı'na iletti. Dönemin Kara Kuvvetleri Komutanı 28 Ekim 2007'de olayla ilgili soruşturma emri verdi. Soruşturmayla görevlendirilen askeri savcı, jandarma ve emniyet kriminal vasıtasıyla konuşmayı yapan iki havacı subayın kimliklerini tespit etti.