'Deliller sahte' iddiaları boşa çıkarken, Genelkurmay evrakları önemli bir gerçeği de gözler önüne serdi. Buna göre halen devam eden 28 Şubat soruşturmasına delil olabilecek belgeler 26 Mart 2010'da imha edilmiş. Bahsi geçen tarihte İlker Başbuğ Genelkurmay Başkanı olarak görev yapıyordu. İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi'nin istediği 35 belgeden 26'sının orijinallerini ileten Genelkurmay, konuyla ilgili imha tutanağını da dosyaya ekledi. Tutanakta imha edilen 157 evraka ilişkin bilgiler bulunuyor. 28 Şubat soruşturmasında Çevik Bir'den Çetin Doğan'a kadar birçok emekli komutanın tutuklanmasına neden olan Batı Çalışma Grubu'nun (BÇG) faaliyet raporu bunlar arasında yer alıyor. 29 Nisan 1997 tarihli "BÇG Rapor Sistemi" isimli imha edilen evrakın açıklama kısmında "Batı Çalışma Grubu'nun 15 Mayıs 1997 tarihi itibarıyla uygulamaya başlaması planlanan yeni raporlaştırma sistemi ile ilgili emir" deniliyor. 2000 Eylül'üne ait 2 farklı belgede ise kapatılan HADEP ile ilgili ilişkilerin nasıl yürütüleceğine dair yayınlanan emir bulunuyor. Bir başka belgede ise 28 Şubat Milli Güvenlik Kurulu kararlarından tam iki ay sonra yayınlanan emir. 28 Nisan 1997 tarihinde düzenlenen "Laiklik Aleyhtarı Faaliyetler" isimli belgenin açıklama kısmında "Camilerde laiklik aleyhtarı vaazların verildiğinin bildirildiği ve bu konu ile ilgili personel görevlendirilmesinin istendiği yazı" ifadesi bulunuyor. Söz konusu imha tutanağında yakın tarihe kadar Genelkurmay'ın fişlemelere devam ettiği raporlar hazırlattığı görülüyor. Kasım 2007 tarihinde HKK tarafından hazırlanan "Bilgi Toplama" başlıklı belge için "İrticai trende ivme kazandıran ticari organların faaliyetlerinin izlenmesi ve alınacak tedbirlerin güncellenmesi ile ilgili yazı" bilgisi veriliyor. Ayrıca 28 Mart 2004'te yapılan yerel seçimlerle ilgili silahlı kuvvetler personelinin oy kullandığı sandıktan çıkan partilerin yüzde oranları, sandık sonuçlarının analizi gibi evraklar da imha edilen belgeler arasında. Yine Ergenekon davasının tutuklu sanığı Sevgi Erenerol hakkında düzenlenen evrakla ilgili imha tutanağında belgenin düzenlenme tarihi yazılmamış. Açıklama kısmında "Sevgi Erenerol'un Genelkurmay'da verdiği 'Türkiye'de Misyonerlik Faaliyetleri' konu başlıklı konferans konuşma metni" ifadeleri yer alıyor.