Dönemin bazı komutanları, Yılmaz'a 'irtica brifingi' verirken, ezanın Arapça okunmasından rahatsızlık duyduklarını belirtmiş. Askerler, merhum Turgut Özal'ın başbakanlığı döneminde kaldırılan TCK'nın 163. maddesinden dolayı da sitemde bulunmuş. 163. madde, dinî içerikli toplantı yapanların bile cezalandırılmasını hükme bağlıyordu. Mesut Yılmaz, 1,5 yıl süren başbakanlığı döneminde sık sık askerlerle karşı karşıya geldi. Org.neral Çevik Bir, Orgeneral Hüseyin Kıvrıkoğlu ve Orgeneral Doğu Aktulga gibi komutanlar, 28 Şubat kararlarının uygulanması için Yılmaz'a baskı uyguluyordu. Yılmaz ise 'irtica ile mücadele'nin hükümete bırakılmasını istiyordu. Yılmaz, o dönemde yaşadıklarını Hürriyet gazetesine anlattı. Dünkü bölümde komutanların Arapça ezandan duydukları rahatsızlığı Yılmaz'a nasıl ilettikleri yer aldı: "Yargı kararları da dahil hemen her konuda hükümeti eleştirme noktasındaki askerler, Yılmaz'ı irtica brifinginde de şaşırttı. Askere göre, sağ partiler, ezanı Türkçe okutmaktan vazgeçerek, 163'ü kaldırarak irticaya karşı taviz verdiler. Yılmaz, 'Asıl bu düzenlemeler yanlış uygulanarak vatandaş laiklikten soğutuldu.' diye itiraz etti." Eski Başbakan, Çevik Bir ile arasında yaşanan ilginç bir olayı da anlattı. Askerlerin baskısından rahatsız olan Yılmaz, durumunu Genelkurmay Başkanı Org. İsmail Hakkı Karadayı'ya iletti: "Hükümet laiklik konusunda TSK'dan daha az hassas değil. Geçen hükümet döneminde yapılan bazı olağanüstü uygulamalara artık son verilmeli." Karadayı, konuya 2. Başkan Org. Bir'in baktığını belirterek, "Size göndereyim." dedi. Yılmaz da yanına gelen Çevik Bir'e, "Sorumluluk bizim; elinizde ne bilgi, delil varsa aktarın, gereğini biz yapalım. Siz hassasiyetinizi sürdürmeye devam edin." uyarısını yaptı. Bir, her sözü not aldı. İlerleyen günlerde Yılmaz ve Karadayı konuyu bir kez daha konuştu. Karadayı, Yılmaz'ı şaşırtan bir bilgi aktardı: "Çevik Bir'e, 'Bunları siz el altından yürütmeye devam edin; ama görüntüye dikkat edelim' demişsiniz." Yılmaz bunun üzerine, "Çevik Bir sözlerimi yanlış tercüme etmiş veya yanlış anlamış." ifadesini kullandı. Tartışmalı kararları hayata geçirdi 28 Şubat kararları, ANAP'ın içinde bulunduğu hükümetler tarafından hayata geçirildi. Buna rağmen Yılmaz, 28 Şubatçıların hep hedefinde oldu. 17 Mart 1998'de, "Ben orduya irtica ile mücadele görevi vermedim. Höt dendiğinde kaçanların ülkeye yararı yoktur." dedi. Genelkurmay, "Makamı, konumu ve görevi ne olursa olsun hiç kimse kişisel menfaatleri ve siyasi ihtirasları uğruna bizi, irticai gelişmelere karşı mücadele azminden vazgeçiremez." karşılığını verdi. Yılmaz, aynı akşam atv'de tepkiyi demokratik bulduğunu açıkladı. Yine 98 yılında pandomim yöntemiyle bazı askerlerin terfi hesabı yaptığını anlattı. Genelkurmay, haberi yapan gazetecilerin askerî tesislere girişini yasakladı. 2001'in Ocak ayına 'Beyaz Enerji' operasyonu damgasını vurdu. Yolsuzluk iddialarıyla ilgili süreci Enerji Bakanı Cumhur Ersümer'in başlattığı yazıldı. İsmini açıklamayan bir asker, "Asla... Bir kere onun üstünü çizin." ifadesini kullandı. Yılmaz, Meclis'in yıpratıldığını savundu. Genelkurmay, 11 Ocak'ta Yılmaz'ı asker üzerinden siyaset yapmakla suçladı. Yılmaz, 3 Mayıs'ta enerji dosyasına Jandarma'nın bakmasını eleştirdi, 'gestapo devlet' benzetmesi yaptı. Yılmaz, 8 Ağustos'ta AB sürecinin 'ulusal güvenlik' bahanesiyle engellendiğini savundu. Genelkurmay hükümeti, 'ülkeyi bölmeye çalışanlara yasal dayanak sağlamaya çalışmak'la suçladı.