Gazetelerde yer alan haberlere göre savcılık bu sorunun cevabını araştırıyor. İddiaya göre, Ergenekon tutuklusu Ahmet Şık'ın 4 ay önce Soner Yalçın'a gönderdiği taslak 189 sayfadan oluşuyordu. Ancak Şık'tan üç hafta önce ele geçirilen 3 taslak çalışmanın sayfaları 299, 301 ve 302 sayfaydı. Operasyon kapsamında Soner Yalçın'ın bilgisayarında ele geçirildiği iddia edilen not, kitaba sonradan eklenen 100 sayfa ile ilgili önemli ipuçları veriyordu. İddiaya göre, kitabın taslağı hazırlandıktan sonra Soner Yalçın'a gönderildi. Yalçın, kitap üzerine çeşitli notlar yazdı ve yapılması gerekenleri iletti. Ardından da kitaba eklendi. 'İmamın Ordusu' isimli dokümanın savcılık talimatıyla silindiği iddiası ise asılsız çıktı. Mahkeme kararında taslakların silinmesiyle ilgili her hangi bir talimat yer almıyor.