Dava dosyası, yaklaşık 10 aydır Yargıtay Ceza Genel Kurulunda bulunuyordu. İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülen davanın 17. duruşmasına tutuklu sanıklardan Albay Dursun Çiçek ile Aydınlık dergisi Genel Yayın Yönetmeni Deniz Yıldırım katıldı. Tutuklu sanık Serdar Öztürk, önceki celse üye hakim Sedat Sami Haşıloğlu'na hakaret içerikli söz sarf ettiği iddiasıyla duruşmadan men cezası aldığı için duruşmaya katılmadı. Hakkında kırmızı bülten çıkarılan firari sanık Bedrettin Dalan ile tutuksuz sanıklar MİT görevlisi Özel Yılmaz, Ulusal kanal istihbarat servis yöneticisi Ufuk Akkaya ve Dalan'ın özel kalem sorumlusu olduğu ileri sürülen İlhami Ümit Handan da duruşmaya gelmedi. Mahkeme Başkanı Köksal Şengün, yaklaşık 10 ay önce Yargıtay Ceza Genel Kurulu'na gönderilen dava dosyasının mahkemeye ulaştığını açıkladı. Ayrıca Şengün, eski Erzincan Cumhuriyet Başsavcısı İlhan Cihaner'in Yargıtay Ceza Genel Kurulunda bulunan dava dosyasının da evrak eksikliği bulunması ve eksik evrakın tamamlanması için Erzurum 2. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderildiğini açıkladı. Yargıtay 11. Ceza Dairesi daha önce İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülen ve Dursun Çiçek'in yargılandığı dava ile Erzurum'da görülen ve İlhan Cihaner'in yargılandığı davalarına bakmakla kendilerinin görevli olduğunu belirterek her iki dava dosyasının da kendisine gönderilmesini istemişti. Ancak daha önceden bu iki davanın İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülmesi karara bağlandığı için arada oluşan uyuşmazlığın giderilmesi için konuya Yargıtay Ceza Genel Kurulu el koymuştu. Burada da Cihaner'in Başsavcı olması nedeniyle davasının Yargıtayda görülmesi gerektiği, Dursun Çiçek davasının ise İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ne tekrar iade edilmesine karar verilmişti. 2010 yılı Ekim ayında verilen kararara ilişkin gerekçenin yazılmasının ardından 5 ay sonra Dursun Çiçek dosyası, İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderilmiş oldu. Bu açıklamanın ardından Mahkeme Başkanı Köksal Şengün, mahkeme tarafından yapılan yazışmalarla ilgili olarak bazı cevabi yazıların mahkemeye ulaştığını söyledi. Gelen evraklar arasında sanık Dursun Çiçek'in talebi üzerine Jandarma Genel Komutanlığı tarafından gönderilen, eylem planı üzerinde Serdar Öztürk'ün parmak izi taramasına ilişkin rapor bulunuyor. Ayrıca sanık Serdar Öztürk'ün bürosunda ele geçirilen 300 merminin araştırılmasına ilişkin yazıların da mahkemeye ulaştığı açıklandı. Sanık Dursun Çiçek, iddianamede planın, bir albay tarafından örgüt kapsamında hazırlandığının iddia edildiğini, oysa duruşmada kendisine bu planın emir komuta zinciri içinde karargahta hazırlandığına ilişkin sorular sorulduğunu dile getirdi. İddianame ile uygulama arasında çelişki bulunduğunu ileri süren Çiçek, uzun zamandır talep alındığını ve hala tanık dinleme aşamasına geçilmediğini söyledi. Bu durumun hukuk adına bir utanç olduğunu iddia eden Çiçek, davada bir an önce tanık dinlenmesine geçilmesini talep etti. Çiçek, Cihaner davası ile ilgili bir karar verilene kadar bu dava dosyasının Ergenekon davaları ile birleştirilmesi konusunda herhangi bir karar verilmesinin de yanlış olacağını öne sürdü.