Sayıştay'ın SGK Raporu'na göre kurum geçen yıl, 20 milyar lira açık verdi. Sayıştay, “Açık 11 milyar lira beklenirken, 20 milyar lira oldu” diye tespitte bulundu ve SGK'nın hesaplarını düzgün tutmadığını da açıkladı. Sayıştay'ın tespitinde şöyle denildi:

‘'SGK'nın 2016 yılı bütçesinde; bütçe giderinin 272.1 milyar TL, bütçe gelirinin ise 260.6 milyar TL olacağı, aradaki 11.4 milyar TL tutarındaki farkın Hazine'den karşılanması öngörülmüştür. SGK'dan alınan bütçe uygulama sonuçları tablosuna göre ise 2016 yılı bütçe gideri toplamı 271.1 milyar TL, bütçe geliri toplamı 284.3 milyar TL, bütçe gelirlerinden ret ve iadeler toplamı 16.3 milyar TL, net bütçe geliri 268 milyar TL, bütçe gelir-gider farkı ise 3.1 milyar TL olarak gerçekleşmiştir. SGK 2016 yılında finansman açığını kapatmak üzere 20.2 milyar TL tutarında hazine yardımı almıştır.”

Sayıştay raporunda, SGK'nın hesaplarını tam ve doğru tutmadığını da belirterek, “Kurumun kamu zararı ile fazla ve yersiz ödemelerinin takip ve tahsilat işlemlerine ait muhasebe kayıtlarının mali tablolara tam ve doğru olarak yansımaması, tahsilat sürecinin etkin ve verimli bir şekilde yürütülmemesi” başlıklı bulguda da şu ifadelere yer verildi:

“İdari takip sürecini tamamlamış ve henüz tahsil edilememiş alacak dosyalarının icrai takip için hukuk birimlerine intikal ettirilmemesi, hukuk birimlerince bazı dosyaların HUYAP sistemine girilmemesi, tahsilatların tahakkuk kayıtlarıyla uyumlu hale getirilmesi çalışmalarının tamamlanamaması, harcama birimlerince inceleme ve değerlendirmesi bitirilememiş borçlar için borç girişlerinin yapılamaması, güncelleme işlemlerinin etkin ve hızlı bir şekilde yürütülememesi nedenleriyle; hesaplarının gerçek durumu tam ve doğru olarak yansıtmadığı görülmüştür.”