Üniversitenin 2019 yılına ait muhasebe kayıtları incelendiğinde TÜBİTAK tarafından Ar-Ge faaliyetlerinde kullanılmak üzere üniversiteye aktarılan fonlardan bir bölümüne ulaşılamadı. Üniversiteye aktarılan 247 bin TL’nin kaydının yapılmadığı, fonun tam olarak hangi harcamalar için kullanıldığının bilinmediği tespit edildi. Bağ’ın üniversitenin yüzde 73’lük hisse bedeli ödeyip ortak olduğu şirkete kendisini genel müdür olarak atayarak 11 bin TL maaş, üniversiteden bir öğretim görevlisinin genel müdür yardımcısı olarak 9 bin TL maaş aldığı Sayıştay raporuna yansıdı. Raporda, bunun kanuna aykırı olduğu ifade edildi.

Sayıştay’ın incelemesinde, bakım onarım çalışmalarında ve satın almalarda usulsüz ihale yapıldığı tespit edildi. İhale kapsamında olması gereken mal ve hizmet alımlarının kısımlara bölünerek ve Kamu İhale Kurumu’nun “uygun” görüşü alınmadan 8.9 milyon TL tutarında 100’den fazla doğrudan temin yapıldığı saptandı. Birlikte ihale edilebilecek tadilat işlerinin parçalara bölünerek aynı firmaya yaptırıldığı, tek bir firmaya yıl içinde parasal limitin çok az altında kalınarak toplamda yüksek tutarlarda benzer işler verildiği rapora yansıdı. Bir firmaya toplam 2.5 milyon TL’lik 26 adet, başka bir firmaya toplam 1.2 milyon TL’lik 12 adet bakım onarım işi verildiği belirlendi.

Sayıştay, akademik teşvik ödeneğinin de usullere aykırı olarak kullanıldığını tespit etti. Yönetmelikte yer alan şartlara uymadığı halde bazı projelere ve patentlere teşvik ödemesi yapıldığı saptandı. Raporda, üniversite senatosu tarafından kanuna aykırı olarak karar alınarak üniversitenin sosyal tesis işletmesinden bazı öğretim üyelerine yasal dayanağı olmadan huzur hakkı ödendiği kaydedildi.