Şimdiye kadar TİM bünyesinde çalışan görevliler, devlet memuru olarak kabul edilip, ihracatçıların dosyalarını kapatma yetkisine sahipti. Ancak mevcut değişiklikle birlikte hem TİM bu yetkisini kaybetti, hem de ihracatçıların evraklarını denetleme ve kontrol etme yetkisi Dış Ticaret Müsteşarlığı (DTM) memurlarına verildi. Birliğin, kamu kurumu niteliğinin elinden alınmasına rağmen yıllık ihracat rakamlarının yüzde 8'ini DTM'ye aktarmaya devam etmesi ise ihracatçıların tepkisini çekti. TİM yönetimi, Başbakan Tayyip Erdoğan ile yapacağı görüşmede bu konunun çözümü için acil destek isteyecek. İhracatçı birliklerinin kuruluşu, işleyişi, iştigal sahaları, organları, üyelerinin hak ve yükümlülüklerine dair 93/4614 sayılı Bakanlar Kurulu kararıyla, bu birlikler kamu gücü kullanarak faaliyette bulunuyordu. Birlikler, ihracat yapan ve devlet yardımı isteyen firmalara DFİF ödeneklerinin tahsisatını ve onaylanmasını yürütüyordu. Ancak Sayıştay, TİM'in de bağlı olduğu 5910 sayılı kanunun iptali için yaptığı girişim sonuç verdi. Anayasa Mahkemesi, Anayasa'nın 7, 123 ve 135. maddelerine aykırılığı iddiasıyla iptali ve yürürlüğün durdurulması istemi üzerine, kanunun 6'ncı maddesini iptal etti. 18 Haziran 2009 tarihli ve 5910 sayılı TİM ile İhracatçı Birliklerinin Kuruluş ve Görevleri hakkında düzenlemede değişiklik yapılsa da 'personel' başlıklı 20. maddesinde hiçbir değişikliğe gidilmedi. Bununla birlikte birliklerde görevli personelin mali konularda sorumlulukları elinden alınarak DTM görevlilerine verildi. Bu kararın ardından birliklerde çalışan personelin dosya kapatma ve ilgili ihracat belgeleri vermeleri elinden alınmış oldu. Personele sadece tüzel olarak çalışma yetkisi verilirken, işlemi kapatma görevinin ise DTM yetkilileri tarafından yapılması kararına varıldı. TİM Başkanı Mehmet Büyükekşi, yasanın yaklaşık bir yıl önce çıktığını, ancak değişiklikle ilgili sıkıntıların yeni kendini gösterdiğini söyledi. Büyükekşi, hukukçuların görüşlerini aldıktan sonra gerekli adımları atabileceklerini kaydetti. İstanbul İhracatçı Birlikleri Başkanı Zekeriya Mete, hükümetle sanayicilerin karşı karşıya getirilmeye çalışıldığını savundu. Sanayicilerin bürokrasi çarkı arasında zorlu bir dönem yaşayacaklarını dile getiren Mete, değişiklikteki asıl amacın TİM'i pasifize etmek olduğunu kaydetti. Doğu Karadeniz İhracatçıları Birliği Başkanı Ahmet Hamdi Gürdoğan ise 5910 sayılı kanunun 135. maddesinde değişiklik yapılmaması halinde ihracatçıların özelliğini yitireceğini ve DTM'nin ihracatçılara verdiği bazı görevlerin de kurumun elinden alınabileceğini kaydetti. İstanbul Kimyevi Madde ve Ürün İhracatçıları Birliği (İKMİB) Başkanı Murat Akyüz ise birliklerin üyelerine fuar ve Turkuality başta olmak üzere birçok konuda yardımda bulunduğuna işaret ederek, bu yetkinin birlik çalışanlarının elinden alınıp DTM'ye verilmesinin birliğin varlığını eleştiriye açacağına dikkat çekti. Akdeniz İhracatçılar Birliği Başkanı Bülent Aymen ise "Sayıştay birlikler tarafından düzenlendiği dahilde işleme izin belgelerine birlik memurlarının kamu görevlisi olmadığı için imza atamayacağına karar verdi. Bu yüzden 1,5 yıldır birlik personeli, tüm dosyaları imza için DTM'ye gönderiyor. Bu yüzden işler sıkışıyor, gecikmeler oluyor." dedi. İstanbul Hazır Giyim ve Konfeksiyon İhracatçıları Birliği (İHKİB) Başkanı Hikmet Tanrıverdi de konuya ilişkin bir 'ara formül' bulunması için çalışma başlattıklarını belirterek, "DTM, birliklerin olduğu yerlerdeki bölge müdürlüklerini bu amaçla güçlendirebilir. Ama o zaman da TİM'in yetki alanlarından birini kaybetmiş olacağız." dedi.