İkinci dalga batık banka operasyonu kapsamında, protokolleri iptal edilen veya protokol hükümlerini yerine getirmeyen Etibank, İnterbank, İktisat Bankası ile bu bankalarla yoğun ilişki içinde olan Pamukbank’ın dosyaları incelemeye alındı. TMSF’nin ikinci dalga batık banka operasyonu, Dinç Bilgin ile Turgay Ciner arasında yapılan gizli protokolün ortaya çıkması ile başladı. Bu gelişme üzerine Dinç Bilgin ile yapılan protokolü iptal eden TMSF, rafa kalkan Etibank dosyasını yeniden açtı. TRANSFERLERE DİKKAT ETİBANK’A el konulmadan önce yapılan kaynak transferleri de mercek altına alındı. Bu incelemeler sürerken, İnterbank’ın eski sahibi Cavit Çağlar’ın da protokol hükümlerini yerine getirmemesi üzerine, İnterbank dosyası da tekrar raftan indirildi. Yine aynı süreçte, İktisat Bankası’nın eski sahibi Erol Aksoy ile yapılan protokol de bazı taksitlerin aksaması nedeniyle de İktisat dosyası yeniden açıldı. Üç bankanın dosyası ile yapılan incelemeler sırasında, söz konusu üç bankanın Çukurova Grubu’na ait Pamukbank ile kredi ilişkileri olduğu belirlendi. Böylece, dört bankanın dosyası yeniden açılmış oldu. İncelemeler sonucunda elde edilecek bilgi ve belgeler doğrultusunda, TMSF elindeki yetkilileri kullanarak, el konulan bankalardan yapılan transferleri tahsil edecek.