Kanuna göre, yeni kurulan üniversitelerin kurucu rektörleri 2 yıl görev yapacak. YÖK Genel Kurulu, yasa yürürlüğe girdiği tarihten itibaren bir ay içinde dörtte üç çoğunlukla 6 rektör adayı seçecek. YÖK'ün seçtiği 6 adayı Milli Eğitim Bakanlığı 3'e indirerek Cumhurbaşkanına sunacak.