Papa, bunun yerine, tepkilerin yanlış anlaşılmadan kaynaklandığını ve bunun da kendisini üzdüğünü söyledi. 16. Benediktus, yazlık ikametgahı Castelgandolfo'da bugün Angelus Duası sırasında yaptığı konuşmada, "Regensburg Üniversitesindeki konuşmamın, Müslüman inananların duyarlılığını inciticiymiş gibi görünen kısa bir bölümünün yol açtığı tepkilerden dolayı çok üzgünüm" dedi. Papa, konuşma metninde alıntı yaptığı Bizans İmparatoru İkinci Manuel Paleologos'a ait ifadelerle ilgili olarak, "Ortaçağa ait bir metinden alıntı yapmıştım. Alıntı hiçbir şekilde benim şahsi düşüncemi yansıtmıyor" diye konuştu. Yanlış anlaşılmayı düzeltmeye yönelik gerekli açıklamanın Vatikan tarafından yapıldığını hatırlatan Papa, şöyle dedi: "Dün Devlet Sekreteri (Başbakan) Kardinal Tarciso tarafından yapılan açıklamanın, insanları yatıştırmasını ve konuşmamın anlamını aydınlatmasını umuyorum. Benim konuşmam, genel itibariyle, karşılıklı tam bir saygı içerisinde, sakin ve samimi bir diyalog çağrısıydı". Papa 16. Benediktus, önümüzdeki Çarşamba günü yapacağı konuşmada, Almanya seyahatine ayrıntılı biçimde değineceğini sözlerine ekledi.