Elma sirkesi, iki aşamalı bir süreçte yapılır. İlk adım ezilmiş elma ve kabuklarının mayalanmaya bırakılmasıdır. Mayalanma sırasında elmanın içeriğinde bulunan şekerler fermente olarak alkole dönüşür. İkinci aşamada, elde edilen alkol çözeltisine bakteriler eklenir. Bu bakteriler ileri fermantasyon sağlayarak alkol çözeltisini elma sirkesinin ana aktif bileşiği olan asetik asit ve diğer şeker asitlerine dönüştürür. 

Organik, filtrelenmemiş elma sirkesi, ürüne bulanık bir görünüm veren ve "sirke anası" olarak isimlendirilen protein, enzim ve yararlı bakterilerden oluşan bir karışımı da içerir. Sirke anası, aynı zamanda sirkenin fermantasyon sürecinde kullanılan bir tür mayadır. Bazı otoriteler sirke anasının sağlık yararlarının çoğunda etkili kısım olduğuna inanmakta; ancak şu anda bunu destekleyecek yeterli çalışma bulunmamaktadır.

Elma sirkesi yemeklerde, salata soslarında ve gıdaların saklanmasında koruyucu madde olarak kullanılır. Doğru şekilde tüketildiğinde oldukça faydalı olmasına rağmen çok fazla sirke tüketilmesi istenmeyen etkilere neden olabilir. İçeriğinde çok fazla asit bulunması nedeniyle seyreltilmeden doğrudan içilmesi önerilmez. Çok fazla tüketilmesi, mide asit dengesinde bozulmaya bağlı olarak ülser, asit reflü ya da diş minelerini aşındırmak gibi farklı sorunlara neden olabilir. Bu sebeple suya veya çaya 1 ila 2 yemek kaşığı sirke ekledikten sonra tüketmek sağlık açısından doğru bir uygulama olacaktır.

Elma sirkesinin şimdiye kadar tespit edilmiş olan en önemli faydası tip 2 diyabetli hastalarda belirtilerin kontrol altına alınmasındaki etkileridir. Tip 2 diyabet, vücut dokularının insüline direnç göstermesi ya da vücutta insülin üretilememesi nedeniyle kan şekeri seviyelerinin yükselmesi ile seyreden bir hastalıktır. Hastalığın tedavisinde temel amaç kan şekeri seviyelerini normal aralıkta tutmaktır. Bunu yapmanın en etkili yolu, işlenmiş şekerlerden kaçınmaktan geçer. Elma sirkesi de kan şekerini düşürmede güçlü bir etkiye sahiptir. Sirkenin kan şekeri ve insülin seviyeleri için çok sayıda faydası olduğu çalışmalarda gösterilmiştir. Yüksek karbonhidratlı bir yemek sırasında tüketildiğinde, dokuların insülin duyarlılığını %19 ila 34 oranında arttırdığı ve kan şekeri düzeyini belirgin şekilde düşürdüğü tespit edilmiştir. Bu nedenlerden dolayı sirke; şeker hastaları, gizli şekeri olanlar ve kan şekeri seviyelerini düşük tutmak isteyen kişiler için yararlıdır. Şeker hastalığı olan kişi kullandığı ilaç miktarını sirke tüketerek azaltabilir. 

Şaşırtıcı bir şekilde, araştırmalar ayrıca sirkenin kilo vermeye yardımcı olabileceğini de göstermiştir. Sirke, tokluk hissini arttırarak kişinin daha az kalori almasına yardımcı olur. Örneğin yüksek karbonhidratlı bir yemekle birlikte sirke tüketilirse, doygunluk hissi artar ve günün geri kalanında 200-275 daha az kalori tüketilir. Aşırı kilolu 175 kişiyle yapılan ve 3 ay süren bir çalışmayla, günlük tüketilen elma sirkesinin miktarı ile orantılı olarak, göbek bölgesi yağlarını eritmeye yardımcı olduğu ve kilo vermeyi hızlandırdığı gösterilmiştir. Çalışmaya katılanlardan;

Günlük 15 ml (1 yemek kaşığı) elma sirkesi tüketenler ortalama 1.2 kilogram kaybederken

30 ml (2 yemek kaşığı) tüketenler 1,7 kilogram kaybetmiştir. 

Sirkenin düzenli tüketimi kan trigliseritlerini, kolesterolü ve kan basıncını düşürür. Böylece, kalp ve damar hastalıklarına yakalanma riskinde azalma görülür. Sirke bazı kanser türlerinde kanser hücrelerinin büyümesini yavaşlatabilir ve tümörleri küçültebilir.

Elma sirkesi, bakteriler de dahil olmak üzere bazı mikroorganizmaların etkisiz hale getirilmesine yardımcı olur. Geleneksel olarak tırnak mantarı, saç biti, siğil ve kulak enfeksiyonlarının tedavisinde kullanılmıştır. Modern tıbbın babası olan Hipokrat, iki bin yıl önce yara temizliği için sirke kullanmıştır. Sirke ayrıca bir gıda koruyucu olarak da kullanılır. Yapılan araştırmalar bakterilerin (E. coli gibi) gıdada üremesini engelleyerek yiyecek maddesinin bozulmasını engellediğini göstermektedir. Bu nedenle bazı yiyecekleri korumak ve bir süre bozulmadan saklamak için doğal bir yol arayanlar elma sirkesi kullanabilirler. 

Cilt bakımında doğal yolları tercih edenler için elma sirkesi oldukça popüler bir cilt bakım ürünüdür. Elma sirkesinin etkinliğinin çoğunluğu asetik asit ve malik asit gibi içerdiği meyve asitlerine dayanır. Fermantasyon yoluyla oluşumu sırasında antibakteriyel ve antifungal özellikleri ile bilinen ve asetik asit adı verilen bir bileşik oluşur. Akne oluşumu için en önemli etken bakterilerdir. Bu nedenle elma sirkesi antibakteriyel özelliği ile akne tedavisinde kullanılabilir. 

Bir kişi yaşlandıkça, cildi doğal olarak elastikiyetini kaybeder ve kırışıklıklar oluşmaya başlar. Erken kırışıklıkları en aza indirmenin yollarından biri de cilde iyi bakmaktır. Elma sirkesi cildi sıkılaştırıcı etkiye sahiptir. Böylece düzenli kullanılırsa cildin elastikiyetini korumaya ve kırışıklıkların oluşumunu önlemeye yardımcı olabilir.

Et benleri genellikle tehlikeli olmayan cilt büyümeleridir. Fakat bunlar tehlikeli olmasa bile bazen estetik açıdan rahatsız edici olabilir. Elma sirkesi et benlerine düzenli olarak sürülürse kurutarak düşmelerine yardımcı olabilir. 

Elma sirkesinin güneş yanığını önlediğini veya tedavi ettiğini gösteren bir çalışma henüz yoktur. Bununla birlikte, sirkeyi suyla seyrelterek hafif dereceli güneş yanıklarına sürmek rahatlama sağlayabilir. 

Cildin soyulması yoluyla uzaklaştırılması işlemi olan peeling yaşlı ya da ölü cilt hücrelerinin temizlenmesini sağlayan önemli bir cilt bakım sürecidir. Peeling işlemi kimyasal ya da fiziksel yolla yapılabilir. Elma sirkesi, kimyasal peeling uygulamasında kullanılabilen ve malik asit adı verilen bir meyve asidi içerir. Elma sirkesindeki malik asit, cildin en dış tabakasını soymaya yardımcı olabilir.

Elma sirkesi cilt bakımında tonik, yüz yıkama suyu olarak ve hatta leke tedavisi için kullanılabilir. Yüz temizleyici olarak kullanıldığında cildi ve ciltteki gözenekleri derinlemesine temizlemenin etkili bir yoludur. Yüzü günlük olarak suyla seyreltilmiş elma sirkesiyle yıkamak yağ, kir ve ölü cilt hücrelerine ait kalıntıları giderilmesine yardımcı olur. Elma sirkesi doğal bir cilt toniği olarak da tercih edilebilir. Toniğin cilt bakımındaki rolü, cildi bakterilerden ve diğer yabancı maddelerden arındırıp gözenekleri sıkılaştırmaktır. Cilt toniği olarak kullanılabilecek tarif şu şekilde olabilir:

1 ölçü elma sirkesi

2 ölçü arıtılmış su

Cildi temizlemek için bir yüz yıkama suyu kullandıktan sonra, bu karışım yüze bir pamuklu ped veya pamuk parçası ile uygulanabilir. Karışımı cilde eşit bir şekilde püskürtmek için bir sprey şişesi de kullanabilirsiniz. Bu tonik özellikle yağlı ve akneye meyilli ciltler için daha uygundur. Eğer hassas bir cilde sahipseniz, karışımı kullanımdan önce daha fazla seyreltebilirsiniz. Elma sirkesi ayrıca asidik özelliği nedeniyle retinoik asit gibi diğer asidik cilt bakım ürünleriyle birlikte kullanılmamalıdır.