Pekşen, Abdullah Gül’ün CHP’nin de içinde olduğu ittifakın Cumhurbaşkanı adayı olarak adının öne çıktığı tarihlerde, kendisinin buna şiddetle karşı çıktığını belirterek, şöyle konuştu:

“Gül’ün adı ilk ortaya çıktığında karşı çıkanlardan biri de bendim. Bana üç ay önce, ‘Gül’ün adaylığına karşı çıkma, milletvekilliğinden olursun’ uyarısı geldi. Aldırmadım. Katıldığım televizyon programlarında karşı olduğumu söylemeye devam ettim. En son bir ay önce bir uyarı daha oldu. Ancak ben ısrarla karşı olduğumu kamuoyu önünde söylemeye devam ettim. Gördüğüm tablo şu. Benimle birlikte, Gül’ün Cumhurbaşkanlığı adaylığına itiraz eden kim varsa liste dışı kalmıştır.”

Vekil olduğu dönemde verdiği mücadele açısından “içinin rahat” olduğunu söyleyen Pekşen, “Milletvekili olarak toplum vicdanında görevimi yaptığıma inanıyorum. Türkiye’nin geleceği, benim vekilliğimden daha önemli. Siyasete devam edeceğim. Ne ülkemizi, ne partimizi bırakırız" dedi.