İki yıl önce bitirilmesi gereken çalışmalar ise hâlâ tamamlanmadı. Geçen mayısta 18 milyon TL’ye restorasyon çalışmalarının yapıldığı açıklanan medresenin dış yapısında tamamlanan kısımların aslına uygun olarak restore edilmediği ortaya çıktı.
Medresenin Cacabey Türbesi’ne ait kubbe kısmında restorasyon sırasında delik açıldığı ve bu kısma alüminyum doğrama pencere takıldığı görüldü. Medreseseye ait eski fotoğraflar incelendiğinde kubbede açılan kısmın kapalı olduğu belirlendi.