Eminağaoğlu, Yargıtay Cumhuriyet Başsavcılığında görev yaptığı dönemde telefonlarının dinlendiğini, Ergenekon ve Hrant Dink cinayeti davaları ile adalet politikaları konusunda yaptığı eleştirel açıklamalar nedeniyle 2012 yılında Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulu (HSYK) tarafından haksız ve usulsüz bir şekilde İstanbul Hakimliğinden Çankırı'ya sürüldüğünü belirtmişti.

AİHM, oybirliğiyle aldığı kararda Türkiye’nin Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi’nin (AİHS) adil yargılanma hakkıyla ilgili 6'ncı maddesini, özel ve aile yaşamına saygıyla ilgili 8'inci maddesini ve düşünce ve ifade özgürlüğü ile ilgili 10'uncu maddesini ihlal ettiğine hükmetti. Eminağaoğlu'nun telefonlarının dinlenmesi ve bu kayıtların disiplin cezası sürecinde kanıt olarak gösterilmesi de ihlal sayıldı.

AİHM kararında Eminağaoğlu'na yönelik disiplin cezası, "ifade özgürlüğü hakkının ihlali olarak değerlendirildi. Kararda Eminağaoğlu'nun başkanlığını yaptığı YARSAV'ın hukukun üstünlüğü ve yargı mensuplarının çıkarlarının korunması için faaliyet gösterdiğine işaret edilerek Eminağaoğlu'nun bu kuruluşun başkanı olarak yargının işleyişine dair görüşlerini açıklamasının sadece bir hak değil, aynı zamanda bir görev olduğu kaydedildi.

Kararda ayrıca Eminağaoğlu'nun YARSAV'daki faaliyetlerinden bağımsız olarak "yargı bağımsızlığını talep etmek ve korumanın her yargıcın görevi olduğu"na da vurgu yapıldı. AİHM yargıçları, sürmekte olan davalarla ilgili ifadelerde bazı gerekli kısıtlamalar olduğuna da işaret ederek yargı mensuplarının, tarafsızlıklarına zarar gelmemesi için "önemli toplumsal konularda siyasi açıklamalardan kaçınmaları gerektiği"ni de not etti.

Mahkeme, Eminağaoğlu'nun bu yönde bir talep bildirmemesi nedeniyle Türkiye'yi tazminata mahkum etmedi.